魚居住的環境是在水裡，水乃細菌的主要載體，
且在水中會有很多營養成分存在，
因此水中的細菌量比空氣中的菌量多上很多。
但除了少數的絕對病原菌外，
大多造成魚感染的細菌都是伺機性病原。
所謂伺機性病原指得是在魚體狀況良好時不會致病，
只有在環境惡劣或魚的免疫力下降時才會造成疾病的細菌。
像是大家所熟知的爛尾、爛嘴、紅斑病、立鱗、...等
都是伺機性感染造成。
伺機性感染的病原無所不在，
只要有水就會有這些伺機性感染的病原，
所以任何檢疫方式都無法防止細菌感染的發生。
細菌的複製速度極快，每20分鐘到1個小時就可以增加兩倍，
在營養與空間充足的情況下一天就可以增加十億倍，
所以在適當的環境下，
細菌感染有機會在短短的一天就奪走大量魚隻的性命。
但事實上細菌感染是否會發生取決於:
細菌本身、環境狀況與魚隻免疫三大要素。
只有在這三個要素都符合時細菌感染才會真正的爆發，
成為我們觀察到的細菌感染。
每種細菌都會有不同的致病能力，
在水中大多數的細菌致病能力都不算強。
只有少數的細菌發展出可以抵抗魚隻免疫的機制，
而更少的菌發展出了只能在魚身上生存的生活型態。
不過有得必有失。
這些發展出抗魚隻免疫機制的細菌，
因為花費了太多的能量武裝自己，
所以比起其他沒有致病能力的細菌，
他們在環境中的複製速度還有適應能力會比環境菌還差。
這些致病菌只有在感染魚體的時後才能夠大量複製，
在一般的狀況下也競爭不贏環境常在菌，
只能在環境中苟延殘喘地活著。
而單一隻病原菌是無法造成任何疾病的，
細菌必須要採取人海戰術才能夠突破魚的免疫系統。
在細菌數不多的時候，
那些膽敢踏入魚身體的細菌都會被免疫細胞全數殺滅，
只有在夠大量的細菌進入魚體時，
魚才會真正的被感染然後發病。
所以細菌在感染發生前一定要先在某個地方大量複製，
這個地方有可能是某一隻免疫不好生病的魚，
也有可能是水族箱中某一個營養充足的地方。
這也是細菌疾病發展的起始。
不過在菌相穩定的水族箱中，
每一個地方的表面都已經佈滿了環境常在菌，
這些菌會快速的利用掉生物所產生的各種有機廢物，
所以病原菌在進入這樣一個環境時，
他既無法得到足夠的養分，
也找不到適合生存的位置，這種情況下，
病原菌就只會成為弱勢，無法大量複製，
自然也無法感染魚體。
但是當水溫或水質急速改變時，
不只是缸中的魚會受到影響免疫力急速下降，
連水缸裡的正常菌相也會急速改變，
那些無法適應水質變化的環境細菌會大量死亡，
死亡的菌會成為其他細菌的養分，
而存活下來的細菌就開始競爭那些死亡菌留下來的空間，
這時候病原菌就可能在水族箱中找到自己生存的一角，
而在這短短的時間中大量複製的病原菌
如果再找到一隻免疫力沒有那麼好的魚隻，
那麼感染就會發生。
接著這些細菌就會以這隻倒楣的魚為基地，
吸取魚隻的養分大量的複製。
這隻倒楣的魚就會開始從黏液、糞便
或尿液中大量釋放出細菌，
這些被釋放的細菌就會跑去感染其他魚隻，
最後導致整缸魚都被感染。
另外水中如果有太多的營養物質，
也會讓細菌可以在沒有找到固定居所的時後
就在水中直接大量複製，
這也是導致細菌感染的其中一個原因，
像是過度的餵食飼料、
魚隻密度太高或是水草大量死亡，
也會造成細菌感染的發生。
總結來說穩定的水族箱內出現細菌感染一定是
新進魚引入、魚隻免疫太差、水中營養物質太多
或水缸環境劇烈變化導致。
所以當魚缸內有少數魚隻出現細菌感染現象時，
最好要把感染的魚移出缸外獨立照顧，
以免他釋放出大量的細菌感染其他魚隻。
而受感染的魚隻隨著時間逐漸增加
或是缸中大部分的魚都被感染的話
就代表環境中有大量的致病菌存在，
水體或缸體也必須要消毒。
一般我們使用浸泡的方式給予抗生素
殺的只是水體中的細菌，
對於魚體內的菌無可奈何。
感染魚體內的細菌只能透過口服
或是注射抗生素的方式殺滅，
因此魚的細菌感染在魚還會吃的時候
治癒效果會高很多。
而平時就必須要盡量降低魚的壓力
而且確保缸中沒有過多的汙染源，
或是使用一些保健食品
像是:益生菌、維生素或蒜頭
提高魚的免疫力，
這樣就算不幸發生細菌感染，
魚隻因為免疫力足夠也能夠自行恢復，
但必須注意的是如果這些保健食品使用過量
也是一種污染源，所以必須要小心使用。