在神奇寶貝的動畫中，對於神奇寶貝的死亡大都只是略為帶過
不過在劇場版或遊戲中都有相關的劇情
如果只看動畫劇情的話，關於神奇寶貝死亡的劇情確實是不常見
要舉較為具體的例子的話，在初代動畫第89集「粉紅色神奇寶貝之島」中
有關於神奇寶貝死亡的劇情內容
這集是橘子諸島的劇情，故事是說小智一行人漂流到一個叫平柑島的小島
島上的神奇寶貝因為吃了一種粉紅色的果實，身體全變成粉紅色
小智後來聯絡大木博士跟他說在島上看到的事
大木博士表示：「不過要是讓世界知道那裡有罕見的神奇寶貝存在，
很可能會把那些邪惡的盜獵者引到那裡去，不是把平柑島神奇寶貝拿來向人炫耀，
就是因為不知道怎麼飼養，最後害得他們生病死去。」
這時候出現一隻小拉達死在籠子裡的想像畫面
而從大木博士的談話中可以得知，錯誤的飼養方式會導致神奇寶貝生病死亡
這也是動畫中少數對神奇寶貝的死亡有較為具體的描述
而到最新一集的日月第21集中
用了一集的時間敘述了長毛狗生前的最後一刻
這在神奇寶貝的動畫劇情中確實是前所未見
雖然動畫沒有非常明確交代長毛狗最後去了那裡
不過從庫庫伊博士說了一句：「別說了。」就知道長毛狗最後的結局

推這集從前面長毛狗最後一次傳授絕招給火斑喵到事後火斑喵還有其他旁觀者的反應都很有感

吃掉

三杯

印象有看過神奇寶貝老死，訓練家很傷心的橋段

富士老人那裡有提到吧？

除了小智的臉都不錯（

這集感人爆 再配上喵喵的歌 嗚嗚嗚

SM除了小智障的臉以外全部都超讚

想到死 就想到紫苑鎮

其實都是參考現實動物吧，我記得有些動物快死了，為了怕主人難過會自己離開

水都的守護神裡拉帝歐斯就死掉了

騷蕾娜的感情線也死掉了

代歐表示 我只是打破窗戶 就被空哥打爆 0.0

鬼手:

幽靈系：？

洛托姆不讀空氣的問博士跟本身是電幽屬性的論點還滿有趣的