Re: [閒聊] 這篇paper有點油
作者: Nsquare (N^2) 2021-01-15 01:53:53
※ 引述《Keelungman (金坷拉是新世界的神)》之銘言：
: 這篇paper有點油，我都不看的peko
: https://i.imgur.com/RGAlfCE.jpg
: https://www.researchgate.net/publication/308271627_Application_of_Classical_Si
: mulations_for_Computation_of_Vibrational_Properties_of_Free_Molecules
此篇 Paper 是計算化學領域的文章，刊登在歐洲的期刊 PCCP 上
(physical chemistry chemical physics, 2016 Impact Factor: 4.123)
計算化學簡而言之就是用電腦模擬的方式，來提供一些實驗無法或不易觀測到的物理性質
有時候也是節省成本、找出可能的最佳實驗條件的方法，畢竟只需要計算資源和電費。
個人讀paper習慣順序為：標題－＞摘要－＞圖－＞結論
我們一起用這個結構來看看這篇文章
標題：Application of Classical Simulations for Computation of Vibrational
Properties of Free Molecules
先做個簡單的名詞解釋
Vibrational Property
振動性質，通常是在講分子振動模式，舉例來說分子吸收了特定波長紅外線後會產生特定
的振動模式，大家最常用到的微波對於水分子加熱也是如此（微波其實是讓水分子轉動）
Free Molecules
硬要翻譯就是自由的分子，指不受到其他原子作用力影響的分子，
通常是在氣態(gas phase)，李遠哲院士的交叉分子束方法中的分子即為此狀態，
可以微觀精確地研究化學反應中的分子動力機制。
舉例來說，一杯水的紅外線光譜會是在很廣的波長區間內有一大包訊號，
然而數個水分子的紅外線光譜則是在很狹窄的區間內有一尖銳訊號，
如圖：https://imgur.com/iiTrSkd（圖A:液態水vs五個水分子團）
繼續讀到 Abstract
他使用了"classical" molecular dynamics (MD) 和 Monte-Carlo (MC)
與之對照的是經過 quantum corrections 的 PI-MD, MD with QTB
好耶！太多名詞了講下去應該會沒完沒了，我們直接跳到圖四吧！
==============================================================================
https://i.imgur.com/RGAlfCE.jpg
Christina 代表著 S=C=S 分子的中心碳(C)原子所在位置，而揮舞的雙手代表著硫(S)原子
雙手往上下揮動代表 bending vibration，
伸直出拳的方向則代表 stretching vibration，
是兩種不同的振動模式
而在圖中背景的位能面(potential energy surface)上紫色區域代表硫原子最適位置
即要給予足夠的動能(振動)才能跨出位能面上的低點區域。
BP86 是 Density funtional theory (DFT, 1998年諾貝爾獎) 的函數之一，
6-31G 是 Basic set, 描述電子軌域的範圍，
通常研究越多電子的原子要使用越大的Basic set
==============================================================================
回到 Abstract，其中講到了經過量子效應修正後的古典計算方法就能有不錯的表現
實際上看到 Table 4 也是如此，對比 MC vs MC+QA，發現 l(C-S) 和 l(S
: 這篇paper有點油，我都不看的peko
: https://i.imgur.com/RGAlfCE.jpg
: https://www.researchgate.net/publication/308271627_Application_of_Classical_Si
: mulations_for_Computation_of_Vibrational_Properties_of_Free_Molecules
此篇 Paper 是計算化學領域的文章，刊登在歐洲的期刊 PCCP 上
(physical chemistry chemical physics, 2016 Impact Factor: 4.123)
計算化學簡而言之就是用電腦模擬的方式，來提供一些實驗無法或不易觀測到的物理性質
有時候也是節省成本、找出可能的最佳實驗條件的方法，畢竟只需要計算資源和電費。
個人讀paper習慣順序為：標題－＞摘要－＞圖－＞結論
我們一起用這個結構來看看這篇文章
標題：Application of Classical Simulations for Computation of Vibrational
Properties of Free Molecules
先做個簡單的名詞解釋
Vibrational Property
振動性質，通常是在講分子振動模式，舉例來說分子吸收了特定波長紅外線後會產生特定
的振動模式，大家最常用到的微波對於水分子加熱也是如此（微波其實是讓水分子轉動）
Free Molecules
硬要翻譯就是自由的分子，指不受到其他原子作用力影響的分子，
通常是在氣態(gas phase)，李遠哲院士的交叉分子束方法中的分子即為此狀態，
可以微觀精確地研究化學反應中的分子動力機制。
舉例來說，一杯水的紅外線光譜會是在很廣的波長區間內有一大包訊號，
然而數個水分子的紅外線光譜則是在很狹窄的區間內有一尖銳訊號，
如圖：https://imgur.com/iiTrSkd（圖A:液態水vs五個水分子團）
繼續讀到 Abstract
他使用了"classical" molecular dynamics (MD) 和 Monte-Carlo (MC)
與之對照的是經過 quantum corrections 的 PI-MD, MD with QTB
好耶！太多名詞了講下去應該會沒完沒了，我們直接跳到圖四吧！
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https://i.imgur.com/RGAlfCE.jpg
Christina 代表著 S=C=S 分子的中心碳(C)原子所在位置，而揮舞的雙手代表著硫(S)原子
雙手往上下揮動代表 bending vibration，
伸直出拳的方向則代表 stretching vibration，
是兩種不同的振動模式
而在圖中背景的位能面(potential energy surface)上紫色區域代表硫原子最適位置
即要給予足夠的動能(振動)才能跨出位能面上的低點區域。
BP86 是 Density funtional theory (DFT, 1998年諾貝爾獎) 的函數之一，
6-31G 是 Basic set, 描述電子軌域的範圍，
通常研究越多電子的原子要使用越大的Basic set
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回到 Abstract，其中講到了經過量子效應修正後的古典計算方法就能有不錯的表現
實際上看到 Table 4 也是如此，對比 MC vs MC+QA，發現 l(C-S) 和 l(S
作者: Ttei (T太) 2021-01-15 01:57:00
原來如此peko
作者: mameshibu (mameshibu) 2021-01-15 01:57:00
沒錯我也是這麼認為的
作者: aaa5118 (小守護) 2021-01-15 01:58:00
你不要這麼專業好不好
作者: qpb852qpb742 (Online) 2021-01-15 01:59:00
嗯 跟我想的差不多
作者: bobby4755 (蒼鬱之夜) 2021-01-15 02:00:00
雖然看不懂 但還蠻意外助手是有代表東西的 XD
作者: wadechen666 (世界最肥宅) 2021-01-15 02:02:00
恩 原來如此 我知道了peko
作者: fragmentwing (片翼碎夢) 2021-01-15 02:03:00
所以你覺得這篇有什麼意義（聽說評委很愛問這個）而且這篇結論被問這種問題的機率應該又高了不少
作者: arrenwu (鍵盤的戰鬼) 2021-01-15 02:05:00
至少我知道計算化學是研究如何設計好的模擬系統來減少
作者: Bansar (Bansar) 2021-01-15 02:05:00
嗯嗯 跟我想的一樣
作者: morichi (我把你們當人看) 2021-01-15 02:05:00
這份研究的貢獻是什麼peko
作者: qqq3892005 (ShinyaS) 2021-01-15 02:06:00
嗯嗯跟我想的一樣
作者: morichi (我把你們當人看) 2021-01-15 02:06:00
我被問的問題4這樣
作者: arrenwu (鍵盤的戰鬼) 2021-01-15 02:07:00
貢獻跟為什麼重要其實算是同一個問題吧XD
作者: IllMOR (九六三七年五八月二一日) 2021-01-15 02:08:00
紅明顯，這張圖是真的嗎，怎麼就直接登上去沒被擋下來
作者: hong1310 (無奈的熊) 2021-01-15 02:08:00
說中文==
作者: arrenwu (鍵盤的戰鬼) 2021-01-15 02:09:00
@I11MOR https://bit.ly/2MWoKeC 真的啊 連結在這
作者: IllMOR (九六三七年五八月二一日) 2021-01-15 02:09:00
然後就算是真的caption也應該要寫清楚圖代表什麼意思?researchgate上面的pdf應該是別人上傳的?出版社官網沒學術IP不給下載QQ
作者: JOHN9814 (john9814) 2021-01-15 02:12:00
推peko
作者: morichi (我把你們當人看) 2021-01-15 02:12:00
差別就 強調成果和強調目的吧 老闆滿在意這個的Q.Q
作者: arrenwu (鍵盤的戰鬼) 2021-01-15 02:12:00
我了解妳說的意思了。但我用Google Scholar 找到的也是連結到ResearchGate的那個
作者: fragmentwing (片翼碎夢) 2021-01-15 02:13:00
某個網站上有 但我想我沒法在ptt上透漏是哪個網站雖然我支持那網站理念不過目前那好像也算盜版
作者: wadechen666 (世界最肥宅) 2021-01-15 02:13:00
s開頭的那個？
作者: fragmentwing (片翼碎夢) 2021-01-15 02:14:00
我最多只能說 它和某知名成人網站名稱很像恩恩
作者: abadjoke (asyourlife) 2021-01-15 02:14:00
我比較好奇他中間放的圖reviewer問的時候他是怎麼回的
作者: IllMOR (九六三七年五八月二一日) 2021-01-15 02:14:00
4-10不管這個吧@@"
作者: arrenwu (鍵盤的戰鬼) 2021-01-15 02:15:00
回說是個 Cartoon Character就好了吧
作者: fragmentwing (片翼碎夢) 2021-01-15 02:15:00
好像也對 反正在八卦都能直接講的樣子
作者: webberfun (燒掉靈魂的人) 2021-01-15 02:20:00
作者: smart0eddie (smart0eddie) 2021-01-15 02:21:00
左轉
作者: fragmentwing (片翼碎夢) 2021-01-15 02:26:00
痾 IllMOR大不會還在找那個網站吧 scihub
作者: r901700216 (LS) 2021-01-15 02:28:00
嗯嗯差不多就是這樣講得很不錯嘛peko
作者: LeeJing (Jing) 2021-01-15 02:35:00
啥~小~啦~ 要不要吃~哈~蜜瓜
作者: klaynaruto (影分身K湯) 2021-01-15 02:35:00
某網站 有在讀paper的應該多少都知道吧 公開的秘密
作者: arrenwu (鍵盤的戰鬼) 2021-01-15 02:35:00
我之前的學校什麼鳥但期刊都有買，所以不知道妳們在講啥網站XDDD
作者: fragmentwing (片翼碎夢) 2021-01-15 02:37:00
那網站某種意義上比Google 還好用
作者: mayolane (mayolaneisyagami) 2021-01-15 02:38:00
幸好我大致上還看得懂，化學系沒白念
作者: inte629l 2021-01-15 02:38:00
basis set是描述電子群波函數的數學基底嗎? 我只知道光是氫原子就要用上奇奇怪怪的特殊函數了XD
作者: mayolane (mayolaneisyagami) 2021-01-15 02:40:00
氫原子是單電子系統所以沒長那麼奇怪啦
作者: IllMOR (九六三七年五八月二一日) 2021-01-15 02:41:00
F大，其實我知道這個網站啦，但他資源應該也是別人上傳的?倒是researchgate顯示那張圖是來自作者本人...
作者: smart0eddie (smart0eddie) 2021-01-15 02:42:00
不一定 有些作者自己會公開
作者: fragmentwing (片翼碎夢) 2021-01-15 02:43:00
可能覺得原本的一片白很空吧
作者: lyt5566 (無糖奶茶很難喝) 2021-01-15 02:49:00
我來錯版了嗎peko
作者: Nsquare (N^2) 2021-01-15 02:53:00
inte大，沒錯唷，和用來描述的函數以及函數數目有關
作者: AdomiZA (帕多麥特) 2021-01-15 03:01:00
總之這跟In silico從DB撈資料再餵演算法爆開得解差不多
作者: AbukumaKai (ã‚ã¶ãã¾) 2021-01-15 03:03:00
原來如此我懂了peko
作者: GGINDOWBOW (吃肥肥裝頹頹) 2021-01-15 03:09:00
是的 peko 我也是這麼想的
作者: mmsw (mmsw) 2021-01-15 03:23:00
沒看文章想問一下這篇是用 ab initio 算的嗎
作者: Everforest (Yue) 2021-01-15 03:24:00
油油
作者: rainxo6p (雷恩) 2021-01-15 03:48:00
嗯這裡是C洽沒錯 沒有…迷路？
作者: smallkaka (人無一善以報天) 2021-01-15 04:39:00
姆咪
作者: aegis91086 (xo91086) 2021-01-15 05:00:00
感謝論文說明
作者: tsai1453 (tsai) 2021-01-15 05:42:00
可能從referee到editor都很油吧哈哈
作者: nalthax (書蟲一枚) 2021-01-15 05:52:00
哈哈哈哈
作者: marktak (天祁) 2021-01-15 06:27:00
好的凶真 Magical divine starlight breaker.
作者: max410286 2021-01-15 06:31:00
恩 跟我想的差不多peko
作者: yeswecannot (唯有星爆 超越星爆) 2021-01-15 06:31:00
以後量子電腦出來 超強計算能力直接ab initio硬解現在還不是計算化學的黃金年代 定位有點尷尬
作者: arrenwu (鍵盤的戰鬼) 2021-01-15 06:34:00
ab initio那作法確定用量子電腦做比較快了嗎？
作者: nickely (皓) 2021-01-15 06:56:00
原來如此peko
作者: owlman (★~Born To Be Epic~★) 2021-01-15 07:20:00
我比較好奇用了角色要不要列在reference
作者: naya7415963 (稻草魚) 2021-01-15 07:24:00
ptt是學術論壇(驚覺
作者: Alcatraz666 (lalalala) 2021-01-15 07:29:00
嗯嗯 跟我想的一樣
作者: asderavo (asderavo) 2021-01-15 07:32:00
嗯嗯，那我是完全懂了peko
作者: felixden (cheny) 2021-01-15 08:05:00
看不懂啦
作者: ceaher (要相信自己) 2021-01-15 08:26:00
原來如此peko
作者: cities516 (安安路過) 2021-01-15 08:29:00
嗯 原來如此
作者: CorkiN (柯基) 2021-01-15 08:32:00
嗯嗯原來如此peko
作者: DMW9527 (Monzon) 2021-01-15 08:34:00
哦哦哦peko
作者: hduek153 (專業打醬油) 2021-01-15 08:39:00
跟我看的差不多peko
作者: wj12240522 (yeederdas) 2021-01-15 08:43:00
Sci-h.........
作者: bestteam (wombat是胖胖熊) 2021-01-15 08:50:00
李澤藩美術館免費參觀啊
作者: joewang85 (天才大人) 2021-01-15 09:05:00
原來是這樣阿peko
作者: teachjinjin (媞嫬磯姬) 2021-01-15 09:19:00
助手我老婆
作者: miname (>.<) 2021-01-15 09:44:00
版權沒問題啦，我不相信你各位論文用lena圖的有playboy授權
作者: gungunit (NothingHeart) 2021-01-15 09:46:00
不用考試的數理總是看起來特別有趣
作者: JamesChen (James) 2021-01-15 09:52:00
這沒有版權問題？那我以後也來用
作者: arrenwu (鍵盤的戰鬼) 2021-01-15 09:54:00
我是覺得reviewer沒要求他換個比較簡單的圖挺妙的
作者: AlianF (左手常駐模式) 2021-01-15 09:56:00
至少我會願意讀 我書報每天都是IR 頻譜分析QQ
作者: qqqaz9527tw (PPLOL) 2021-01-15 09:59:00
恩我也是這樣覺得
作者: SeijyaKijin (代時上克下的鬼邪天opeop) 2021-01-15 10:37:00
El Psy Congroo
作者: henry4204aaa (羽の觴) 2021-01-15 10:49:00
太好了不需要IBN5100也能計算了
作者: Arctica (欲聆聽，必先靜默) 2021-01-15 11:52:00
就說西恰一定行
作者: gutalic (step up my game) 2021-01-15 11:57:00
點數挺高的
作者: rayisgreat (竹楓嵐雪) 2021-01-15 13:06:00
靠 這paper給過真的鰻猛的
作者: sochensun92h (獨飲醉翁) 2021-01-15 13:16:00
沒錯啊 跟我想的差不多
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