中華人民共和國不同意臺灣加入的原因是：（來自wiki）
由于世界衛生組織作為聯合國的分支機構，必須是具備主權國家資格方可參與的國際組織，中華人民共和國基于其一貫的態度，反對中華民國以任何實體名義參與需要以主權國家身份才能加入的組織，對于臺灣以一個中國名義共同參與則表達開放與歡迎。
中華人民共和國政府表示，臺灣當局要求加入世衛是有政治目的的，如果允許臺灣加入到世衛組織，這將被用作宣布臺灣獨立的借口。
中華人民共和國表示臺灣加入世界衛生組織，不會促進中華民國在衛生領域與國際社會的聯系，因為中華人民共和國政府已妥善照顧臺灣人民的衛生權利。
中華人民共和國政府表示沒有“衛生實體”這種說法，并邀請中華民國醫療技術人員加入中華人民共和國代表團共同參與世衛；這個提議遭到中華民國的鄭重拒絕。中華人民共和國認為，雖然疾病無國界，但世界衛生組織只允許主權國家參加是不爭的原則，在這點上是絕不讓步的。
而且提出了建議：
承上，中華人民共和國主張中華民國可以循香港與澳門模式入中國代表團完整地參與世界衛生組織并得到照顧，因為香港及澳門的衛生及檢疫系統同樣跟中國大陸的體系不同。
為何臺灣不能這樣加入呢
一味的因為所謂的主權原因最后犧牲的是臺灣人民的健康福祉
這相當于拿全體臺灣人民作為人質