第二季開場的單元幾乎都是最知名的個案－Roswell跟51區，外加Hopkinsville。
雖然Hynek很想要深究真相，但是為了長久之計－保住PBB的工作好接觸到機密資料，所以
Hynek與Quinn只能伺機行動，在有遵守指示辦案，兩邊不得罪的情況下，查出事件真相。
在最有名的Roswell事件中，原來Harding就是第一次發生UFO墜落事件的處理者。
當時最後是以高空氣象偵測熱氣球墜落結案。
然Hynek與Quinn發現或許真有其事，因為軍方收買了當時的目擊證人，迅速的把情況壓制
下來。
不過裡面卻有急欲讓世人都知道真正經過，不願意接受軍方收買的證人，因此又搬演了一
次UFO墜落事件。
因為這個惡作劇插曲，才讓Hynek與Quinn得知相當多的內情，包括Harding是如何用威逼利
誘方式壓制相關人等，除了收買，也有被屈打成招的。
再者，原來一共有兩處墜機地點，眾所周知的只有第一處現場，但是在第二處現場才發生
過更多撲朔迷離的事件，包括...相對完整的機體、倖存的外星人...以及最著名的外星人
解剖 (與偽紀錄片)的始末。
因為Hynek與Quinn發現了一名當時擔任周邊警戒的村民，那位老兄表示自己當時開槍打死
了一個逃出殘骸的外星人，怕惹事，所以埋在自家附近的大樹下。
Hynek與Quinn還真在那處地點找到了東西。
而另一個第二處現場的目擊證人則表示自己握有當時解剖的影片，還想利用自己被要求上
電視說明的機會，將那段影片公諸大眾。
不過，關於影片的部分結果發現是一場騙局，或者該說是......
影片是以目擊者的回憶製作拍攝出的戲說外星人解剖，也就是雖有所本的偽造影片。
總之，Hynek與Quinn已經盡力查出真相，只是這個真相是虛實交錯的。
而為了社會民心安定，因此兩人依舊得要遵守規定，不能讓虛構的部分外流而造成恐慌。
但到了51區時，問題就沒那麼簡單了。因為...
這裡出現了政爭的元素－軍方與新成立的情報機構，也就是CIA間的權力傾軋。
以Harding及Valentine為首的軍方不願意大權被新成立的機構中情局分走焦點與資源，因
此想要利用PBB的相關資料來繼續讓新總統了解軍方的重要性。
而此回疑似外星綁架案的事發地點剛好就發生在到處都是各機關秘密基地的Groom Lake。
可以說是CIA與空軍兩方在該處各據山頭，又各懷鬼胎。
但因為事發地點歸CIA管，因此Hynek與Quinn得以進入CIA的51區，並發現真是所謂的UFO
所致，被害人(或動物)也真看似被當作某種實驗品，而非遭人謀殺。
只是所謂的UFO卻可能是美軍或是CIA所研發中的新式飛行器。
甚至Quinn在夜間訓練，還有與Hynek共同調查UFO目擊事件時的遭遇，就是碰巧撞見了這些
飛行器的出來試飛的結果。
可以說，Hynek與Quinn發現了部份所謂的目擊事件根本是自導自演的證據，但為了爭奪資
源與權謀，倒楣的小軍官Willingham最後被迫承認謀殺下屬大兵。
然而最後卻安插了一段Harding也有良心發現去告解的段落，從他告解的內容可知他承認了
確實人外有人、天外有天的部分。
但也證明了那些奇特的新式飛行器就是參考歷年所尋獲的「外來」科技研發的結果。
而Hynek與Quinn則...差點讓人以為兩人也成為人造UFO的犧牲者。
所幸只是被抓去罵一頓而已。
不過這回造訪51區讓兩人認識了一名CIA中的代表－Daniel Banks。
儘管CIA與空軍高層爭奪得厲害，但是Banks卻對Quinn與Hynek兩人頗為友善，在最大的範
圍內與兩人分享可以分享的機密。
而這三人又在Hopkinsville事件再度碰頭。
所謂的Hopkinville事件，就是著名的Little Green Monster登場的一則故事。
也就是外星人最為人知的一種樣貌的來由。
鎮民Shoemaker一家在鄉間小木屋過夜時，一家之主Jimmy目睹UFO飛越後，一家人就受到不
明生物的襲擊。
因為一陣槍林彈雨，最後引來當地警方還有許多媒體的關注，也讓Hynek與Quinn兩人大半
夜的接獲命令出發查案。
其實這起案件算是救了Quinn一命，因為Susie被組織威脅，要求她協助綁架Quinn，好逼出
更多有關美國空軍內的機密。
不過卻害慘了Susie，被認為抗命而遭受威脅與處分，還好Susie命硬又足智多謀，所以反
過來用處理掉Daria投效美方的另一半來牽制並保護自己的小女兒。
因為這個小綠人，也讓Banks再度出現，並且讓Hynek與Quinn兩人得知了CIA的一個令人略
感不可思議的秘密計畫－MK Ultra。
CIA找來一堆有特異功能的人士，進行所謂的預言與人類超能開發的秘密計畫。
Banks是透過裡面一個號稱有強預知能力的女子Rebecca的畫作指出Quinn與Hynek是阻止
【外星人大舉入侵地球】事件的關鍵人物，唯有這兩人能阻止這場【浩劫】的發生。
不過，Rebecca表示只能有Quinn在場，因為Hynek會「阻擋、影響」她的能力發揮。
但Hynek很快的就悟出整件事情都是相由心生效應所致－
(此外還加上Mimi不服氣在聚會時被嗆，決定要帶著友人Evan去當地自主調查)
首先，Quinn會覺得那些亂描亂畫的線條圖案像是世界大戰，都是因為他個人經歷。
而整個Hopkinsville事件也充滿了類似的感覺。
再者，在Shoemaker家小木屋附近找到的綠色「血手印」的血只是一種常見的商用顏料。
Shoemaker又是馬戲班的幕後工作人員，而該馬戲班也才訂購了不少。
邪惡小綠人與血手印是利用受訓的猴子加上戲服跟染料製造出的效果，Shoemaker本人很
希望能靠著這場騙局，以入侵事件當事人的名號，加入大團Ringling。
其實這部分的真相調查，Hynek夫人Mimi才真的厲害，她從鎮民對於Shoemaker一家的評價
(詐包家族)及態度，早猜出了整起事件是個大騙局。
只不過，Mimi不知道CIA與空軍鬥得火熱的內幕，所以沒查覺最重要的一點－
Rebecca所預知的毀滅性的【大規模入侵事件】是空軍藉由Shoemaker的騙局起舞，想要
展演一場規模浩大的UFO入侵地球事件，讓總統從此對空軍更加重視。
相對的，就對於Rebecca參與，隸屬於新成立的CIA與旗下的MK Ultra計畫很有「毀滅性」
的效果。
最終，Hynek與Quinn破了案，卻也毀了Harding與Valentine兩人的大計。
只是...Hynek在得知有MK Ultra計畫後，突然對神祕的老友－西裝男The Fixer的身分好奇
，去探問Banks計畫中有無這號人物，似乎給自己找了麻煩。
而Hynek也感覺出Banks也非表面看來如此友好，雖然看似分享了不少機密，但可能也是有
其他打算，只是用示好來博取好感罷了。因此對Banks還是應該要提防。
因為政爭，似乎讓PBB的故事的發展出現了更加複雜元素，也讓置身其中的Quinn與Hynek
面對了更多難題與挑戰，追查真相似乎隨時可能給自己帶來危險。
但基本上各種發展還是頗有趣且令人期待。