利利斯在補完進行時，將主導權交給真嗣，然而後來真嗣放棄補完，導致補完失敗。
一心想要完成補完的SEELE為什麼沒有排除掉駕駛員的影響，以及確保利利斯會完成補完?
SEELE一定是不知道駕駛員能主導補完，所以才沒有早早除掉他們。
事實上他們的推想也沒有錯，零讓真嗣主導的確只是偶然。
因為如果沒有美里的保護和支持，他就算沒被殺死也不會想上去初號機。
SEELE不知道利利斯的靈魂就在零身上
利利斯的靈魂就附在零身上SEELE並不知情，碇源堂也避免讓他們知道。
在TV版中有SEELE要傳換零，碇源堂拒絕，改讓赤木律子代替，
就是要避免被SEELE發現。(還被脫光光，真不曉得這有什麼意義)
否則SEELE應該會反對零身上有著利利斯的靈魂，還過著和一般人一樣的生活。
因為這可能會讓零受到別人的影響，對補完造成不利因素。
而事實也證明，零被真嗣所打動，進而讓他主導補完。
碇源堂為何要隱瞞零就是利利斯這個事實?
碇源堂為何要讓利利斯的靈魂附在零身上，到處自由活動呢?
因為碇源堂心中的計畫，並不是要完成補完，
而是只要讓自己的靈魂上到初號機，與他摯愛的妻子碇唯相見。
為了達成這一個目標，他需要利利斯的幫助
所以他才要通過與零培養感情來控制她
但是最後零察覺到碇源堂只是在利用他，而不是真心對她好
與真嗣的誠懇相比較，零的心倒向了後者
所以在劇場版的時候，零才會對碇源堂說:「我不是你的玩偶」
以及「真嗣在呼喚我」接著就去執行補完了。
所以結論是:
1.SEELE以為利利斯會完成補完，不會被別人影響
2.SEELE不知道零身上的靈魂就是利利斯
3.SEELE不知道零與駕駛員有了感情
4.SEELE不知道零會因此受到影響，甚至讓他人主導補完
5.以上4點的成立，很大一部份是由於碇源堂想要實踐自已的計畫所導致，
儘管這不是碇源堂的本意。
6.所以事實上，碇源堂也犯了一個錯誤:「讓零與真嗣太過親近」
導致零發現了他的虛偽，最後零不聽他的。