(一) 文學院
有同名+分支
歷史學系暨研究所
藝術史研究所：前身為歷史學研究所中國藝術史組，應屬歷史系所
無法界定：
語言學研究所
音樂學研究所
臺灣文學研究所
(二) 理學院
有同名+分支：
物理學系暨研究所
天文物理研究所：由物理系推動計劃設定，應屬物理系所
海洋研究所：無法界定
(三) 社科院
有同名+分支：
政治學系
經濟學系
社會學系
社會工作學系
公共事務研究所：前身為政治所公行組 應屬政治系所
無法界定:
國家發展研究所
新聞研究所
(四) 醫學院
有同名+分支：
藥學系暨研究所
臨床藥學研究所：由藥學研究所醫院藥學組而來，可歸屬於藥學系所
皆屬醫學系的研究所（醫學系沒有研究所）：
臨床醫學研究所：支援臨床醫學研究而設立，可歸屬於醫學系
毒理學研究所 ：無法界定 (醫學系)
分子醫學研究所：無法界定 (醫學系)
免疫學研究所 ：無法界定 (醫學系)
解剖學暨細胞生物學研究所：無法界定 (醫學系)
生物化學暨分子生物學研究所：無法界定 (醫學系)
生理學研究所 ：無法界定 (醫學系)
微生物學研究所：無法界定 (醫學系)
藥理學研究所 ：無法界定 (醫學系)
病理學研究所 ：無法界定 (醫學系)
法醫學研究所 ：無法界定 (醫學系)
腫瘤醫學研究所：無法界定 (醫學系)
臨床基因醫學研究所：無法界定 (醫學系)
附註： 醫學院之研究所無法界定的原因
來自於這些研究所皆是源自於醫院中的學科而設立
可歸屬於醫學系
(五) 工學院
土木系工程學系暨研究所
環境工程學研究所：原為土木研究所之衛生工程組，應屬於土木系所
建築與城鄉研究所：原為土木研究所設都市計劃組，應屬於土木系所
化學工程學系暨研究所
高分子科學與工程學研究所：由化工系爭取成立，應屬於化工系所
無法界定：
應用力學研究所
工業工程學研究所
醫學工程研究所
(六) 電資院
有同名+分支：
資訓工程學系暨研究所
資訊網路與多媒體研究所：由資工系通訊與多媒體實驗室分出，應屬於資訊系所
電機工程學系暨研究所
光電工程學研究所：原為電機所組，應屬於電機系所
電信工程學研究所：原為電機所電波、通信等組，應屬於電機系所
電子工程學研究所：原為電機所ICS、EDA等組，應屬於電機系所
生醫電子與資訊學研究所：原為電機所生醫組，應屬於電機系所
(七) 牙醫專業學院（沒有同名研究所）
沒問題部份： 牙醫學系
臨床牙醫學研究所：由牙醫系爭取設定，原名為牙醫科學所，應屬於牙醫系
口腔生物科學研究所：由牙醫科學所分出，應屬於牙醫系
(八) 生命科學院（皆無同名研究所）
沒問題部份： 生命科學系 生化科技學系
動物學研究所：原為動物系(生科系前身)之研究所，應屬於生科系
植物科學研究所：原為植物系(生科系前身)之研究所，應屬於生科系
分子與細胞生物學研究所：未註明清楚，但依該院規劃應屬於生科系
生態學與演化生物學研究所：同上，應屬於生科系
漁業科學研究所：原為動物所之漁生組，應屬於生科系
生化科學研究所：未註明清楚，但依該院規劃應屬於生技系
微生物與生化學研究所：源自農化系->生化科技系，應屬於生技系
附註：http://cell.lifescience.ntu.edu.tw/index.htm 右方表格圖示分類
(九) 生物資源暨農學院
無法界定：
食品科技研究所
生物科技研究所
(十) 獸醫專業學院
有同名+分支：
獸醫學系暨研究所
臨床動物醫學研究所：由獸醫研究所臨床組而來，應屬於獸醫系所
(十一)公衛學院（無同名研究所）
沒問題部份： 公共衛生學系
衛生政策與管理研究所：原為公衛所，應屬於公衛系
職業醫學與工業衛生研究所：原公衛所職業醫學與工業衛生組，應屬於公衛系
醫療機構管理研究所：原為公衛所醫院管理組，應屬於公衛系
流行病學研究所：原為公衛所流行病學組，應屬於公衛系
環境衛生研究所：原為公衛所環境衛生組，應屬於公衛系
預防醫學研究所：原為公衛所預防醫學組，應屬於公衛系
附註：多個組為公衛所分出為流病所，後又各自分出，但皆出於公衛系
(十二) 法律學院
沒問題部份： 法律學系
科際整合法律學研究所： 應屬於法律系
(十三) 管理學院
商學研究所：和工商管理系皆由商學系而來，應歸屬於工商管理系