南瑤宮在台灣的歷史上有很重要的地位，
有個掛是，南瑤宮的進香活動差點引發台灣第四大民變
事情發生在同治年間
當時霧峰林家家長林文察戰死在中國，他的弟弟林文明接任家長大位
趁著平定戴潮春事件有功勞而趁機大肆擴充許多田產得罪非常多人
因此許多地方勢力不斷投訴朝廷，朝廷也意識到林家可能是一大禍患必須除掉，
而終於有一天讓官府找到機會下手
彰化南瑤宮當時每年往笨港進香，當時人數已經達到數萬人的高峰
是全台灣規模最龐大的進香團
官府其實先前就明文禁止進香活動，但實際上無法阻止，所以都採放任狀態
這年林文明擔任主辦進香的大總理，官府先是偷偷的調兵遣將到林家勢力範圍部屬
接著派人到南瑤宮將媽祖神像請到開化寺藏起來，
進香當天信徒到廟裡找不到神像十分著急，
官府並宣布禁止南下進香要眾人解散
因為林文明有官員身分，信徒就請求林文明前往衙門交涉，
殊不知這一切都在凌定國的計算當中
隔日林文明帶領四人到了衙門見凌定國談判，
當林文明一走進衙門，大門立刻被躲在暗處的關上
凌定國直接斥責林文明的罪狀，霸佔他人產業並聚眾鬧事。
命令埋伏的刀斧手當場格殺。
當時僅有一人逃過一劫，立刻奔回林家通報，並且打算武力抗官
但林文明的母親了解到這是個局，再怎麼樣都要吞下去，
如果當時林家造反，先前佈下的重兵就能立刻消滅林家勢力。
最後整個事件以纏訟十幾年的京控案收場。
南瑤宮進香也因為這事件中斷到日治時期才再度恢復。
這個事件對於笨港史的重點在，
整個過程中官府的文書與報告皆稱南瑤宮的進香目的地是北港。