老實說，這一塊要討論的東西很多，
不過為了避免模糊焦點，我就只拿最難解決的部分出來解釋。
http://goo.gl/7JNQUR
腦死判定準則：
腦死判定，應進行二次程序完全相同之判定性腦幹功能測試。
第二次判定性腦幹功能測試，應於第一次測試完畢接回人工呼
吸器至少四小時後，始得為之。
進行判定性腦幹功能測試之前，應經觀察，其觀察期間如下：
一、罹病原因為情況明顯之原發性腦部損壞者，應觀察十二小時。
所以根據台灣目前的法規，如果要「合法」的執行死刑犯器捐，
你至少要先把他放在醫院16小時(12+4)，
光這點，我相信很多醫院就不想做了。
而且就算真的要放16小時，請問這段時間要怎麼處理？
1.不積極治療，確保器官不要壞掉就好。
這個行為很明顯違反醫療倫理(註1)，絕對有問題。
(註1)
病人的健康應為我的首要的顧念
我將要盡可能地維護人的生命，自從受胎時起
2.積極治療，該怎麼做就怎麼做。
如果要積極治療，心臟按摩、插管、甚至葉克膜都要全上，
評估有機會的話，還可能需要開刀把病人腦部的子彈拿出來，
結果最後就是為了一個死刑器捐，花了幾百萬的醫療資源，
而且被這樣一折騰，器官大概也全壞了。
再來更麻煩的是，萬一真的救回來了怎麼辦？
那就要再送回去捕槍，然後16小時重新計算，
而且在這16小時內，又要花一堆錢積極治療，
最後看著器官全部壞掉，根本就是浪費資源而已。
當然聰明的鄉民都想到了，我修法不就好了嗎？
針對死刑犯器捐，設一個特別條款，
不用等16小時，到醫院就可以直接拿器官。
但如果你真的這麼做，我想應該有違憲的問題(註2)，
而且從醫師的立場看，這樣的法條也是違反醫學倫理(註3)的，
所以可行性也是不高。
(註2)
《中華民國憲法》第7條規定：
「中華民國人民，無分男女、宗教、種族、階級、黨派，在法律上一律平等。」
(註3)
病人的健康應為我的首要的顧念
我將不容許有任何宗教，國籍，種族，政見或地位的考
慮介於我的職責和病人間
我將要盡可能地維護人的生命，自從受胎時起