馬英九執政期間，中研院院長遴選也曾爭議多時。
為此聯合報曾收集各院士意見，其中贊成退回的意見：
贊成01：管中閔
院長遴選既然產生重大爭議，甚至造成一位候選人憤而棄選。此時即使總統圈選，
被選中者難昭大信，亦難以服眾。最上策是名單上其他兩位也自動棄選，使評議會
必須重新遴選。如不能做到，只好請總統退回。
※ 引述《vic2211 (我是vic)》之銘言：
: 自由
: 管中閔被爆中國學校違法兼職 廈門大學：確實在此授課
: http://news.ltn.com.tw/news/life/breakingnews/2367345
: 2018-03-16 13:32
: 〔記者吳柏軒、林曉雲／台北報導〕台灣大學校長當選人管中閔被踢爆，涉赴中國廈門大
: 學等學校長期違法兼職，時間從2005年起，包含管中閔個人自介、中國網站介紹等，且廈
: 大王亞南經濟研究院也證實，管中閔確實在此授課，並從研究院創始就在，「今年應也會
: 跟往年一般。」
: 根據爆料者提供，廈門大學的國際學生招生網顯示，2018年提供英文授課專業，文案強調
: 很多教授在海外取得博士學位，可用英語指導博士生，並提供相關學院與博士生導師名冊
: ，而管中閔就被列入廈大的王亞南經濟研究院（WISE）師資陣容中，涉嫌違法兼職。
: 爆料者更說，在網上可查的部分資訊，如該研究院2008及2011兩份招生簡章中，明確將管
: 列為師資，並擔任兼職，多份網路資料顯示，管中閔都被該研究院聘為兼職教師，並擔負
: 「博士生導師」一職，且在廈門大學英文授課博士專業導師名錄中，管中閔就列為數量經
: 濟學及金融學的師資陣容中，另外一份管中閔的英文版個人介紹中，更描述從2005年4月
: 起就擔任廈門大學兼職，且2006年10月去華中科技大學、2007年6月去西安交通大學等，
: 可見其赴中國各大學兼職的「經歷」十分豐富。
: 而經訪廈大王亞南經濟研究院的人員，蔡姓人員表示，管中閔從研究院創院之初就已加入
: ，並確實開班授課，有負責國際學生的金融博士學位等，每年約來2、3次，1次約待1個月
: ，因此授課較集中，至於授課日期則不固定，需視管的行程安排，但今年應該會照往年一
: 般，展開授課。
: 而中國對台31項政策日前引發效應，教育部長潘文忠便在立法院提醒，公立大專校院專職
: 教師去兼職須注意，不料管中閔卻被踢爆長期赴中國兼職，已有台大教授質疑，管的中國
: 兼職是否報備、有無違法等，呼籲教育部、中研院乃至相關部會都要詳查。
: 依教育部教育人員任用條例、公立學校專任教師兼職處理原則、兩岸人民關係條例等法規
: ，加上98年針對教育人員赴中國交流的函釋，都明白規定，「現行與大陸地區公立學校交
: 流政策，關於『研究、教學人員交流』部分僅限於一般交流常態之短期客座講學，請勿涉
: 及聘任我方人員擔任教職或研究職務事宜。」因此，現行並未同意教師得赴大陸地區學校
: 兼職或兼課。
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