從整個法律架構，可以得知遴選委員會是台大內部的組織。
即使遴選委員會未具有行政機關的地位，台灣大學也具有機關地位。
涉及大學自治事項，台大具有當事人能力。
一. 遴選委員會是台大的內部組織（階層：教育部→國立大學→遴選委員會)
從組織法源來看，各國立大學的組織規程裡都可以看見遴選委員會的規定。
(台大組織規程第38條、成功大學組織規程第25條...）
組織規程是由校務會議訂定，若非台大的內部組織，怎會由校務會議訂定組織規程？
而且從「教育部函：公私立大學校院訂定或修正組織規程參考原則(101.04)」也可以發現，遴選委員會被包含在裡面，是屬於國立大學的內部組織。
從行為法源來看，各國立大學都有自己的校長遴選辦法
(國立臺灣大學校長遴選委員會作業細則、國立成功大學校長遴選辦法。)
如果遴選委員會是獨立於國立大學以外，遴選辦法就不會由校務會議訂定。
所以即使遴選委員會不具有行政機關適格，台灣大學也一定有行政機關適格。
二. 校長遴選是屬於大學自治事項：
一個組織的自治權通常展現在組織、立法、財政與人事上，上級機關非不得以法律為概括規範，但不得逾越法律明定的界線。而且對於個案越深入，對於自治權侵害越大。
從立法的歷程來看，管媽與杜前部長也認為大學校長遴選屬於大學自治的範圍。也基於此精神，對於大學法進行修正。
大學校長對外代表學校，對內負責各教學研究單位、行政單位的首長任命權，若是承認組織權不屬大學自治，教育部可以決定校長，那同理校長就可決定下級研究單位人事任命，大學自治不就蕩然無存。
反之教育部要尊重大學決定，大學校長尊重各院遴選委員會決定。不是比較符合大學自治？
而且反過來說，若是今日認為大學校長非屬大學自治範圍，改由政府派任，難道依照社會通念，對於大學自治沒有侵害？
若是教育部有最終決定權，那又為何勞師動眾設立遴選委員會，搞了一年僅選出一位人選？
而且依照舊法是「遴選二至三人，國立者，由各大學報請教育部組織遴選委員會擇聘之。」，而新法卻是「經公開徵求程序遴選出校長後，由教育部或各該所屬地方政府聘任之。」由此可知，經過遴選後已經具有校長當選人資格，只是需經教育部聘任程序。
三. 有關大學自治事項，教育部不是不能監督，而是須做適法性監督。
四. 教育部對於大學自治相關事項，所做的決定就是行政處分。
※ 引述《ceiba5566 (Ceiba56)》之銘言：
: → WizZ: 台大可以訴願吧 05/17 17:08
: 推 WizZ: 台大可以補個文叫教育部發給准予聘用的公文 05/17 17:10
: 台大在這個案子裡沒辦法提訴願，其中一個最主要的理由得看大學法的規定。
: 依大學法第9條第1項：
: 「新任公立大學校長之產生，應於現任校長任期屆滿十個月前或因故出缺後
: 二個月內，由學校組成校長遴選委員會，經公開徵求程序遴選出校長後，
: 由教育部或各該所屬地方政府聘任之。」
: 我們先假定聘任校長是個行政處分，單就「聘任校長」的處分機關來看，中央屬教育部，
: 各地方由各地方政府聘任。也就是說，只要是「國立」的大學，校長聘任都是由教育部發
: 公文給校長當選人，聘任該人擔任校長；至於像是台北市立大學，就是由台北市政府聘任
: 。從這邊可以看出，聘任校長的處分機關不是那間學校，在這個案子裡不會是台大。
: 接著有人會問，那台大在校長聘任中是扮演什麼角色？整個校長聘任的流程是：
: 1. 開啟徵選程序→2. 受理人民申請→3. 經台大校長遴選委員會遴選→4. 報教育部聘任
: →5. 教育部對申請人發出聘任處分。
: 整個校長聘任是一個「多程序行政處分」，不是「多階段行政處分」，台大在程序中沒有
: 對外作成任何意思表示過，遴選委員會所作成的決定只是內部決定，不具備對外效力。這
: 種會經過他機關或其他委員會組織審議後才對外作出實質處分的類型有很多，例如像是各
: 機關的訴願會、學校裡的性別平等委員會等，以前的公投審議委員會等。也是行政程序法
: 第114條第1項第4款所稱的「應參與行政處分作成之委員會」。
: 因此，台大的校長遴選委員會只是整個校長聘任處分程序中的內部組織，不具有任何外部
: 效力，甚至依大學法第9條第1項的規定，聘任大學校長的權限，自始就不是由台大所掌有
: ，而是由教育部或各地方政府行使。
: 既然校長遴選委員會以及其決議只是內部程序，那教育部未介入實質內容，而從形式上認
: 定校長遴選委員會的組成有瑕疵，進而要求台大校長遴選委員會重為審議，在行為定性上
: 就必然會是行政內部行為，而不是「對台大的行政處分」。這概念就跟台北市的局處長上
: 簽請市長核准，市長駁回，這不是市長對局處長的行政處分，而只是內部決定。
: 既然教育部這個要求不具外部性，只是對內部的台大校長遴選委員會要求改善，就不可能
: 成為行政處分，台大也不可能以該要求作為行政爭訟的標的請求撤銷或怎樣。
: 有人會說，那台大可以基於如同人民的地位主張其權利受教育部侵害，而提起救濟云云。
: 但是：一、台大一來是教育部的下級機關不是行政法人，不具備獨立法人格，且校長遴選
: 委員會只是內部組織，是要如何基於等同人民的地位？二、縱認真的有如同人民般的地位
: 好了，台大並沒有被侵害任何權利（力），因為校長聘任的權限自始不是歸台大掌有，大
: 學法並沒有授權給各國立大學自行聘任校長，這跟私立大學完全不一樣。在無法立於等同
: 人民地位，而且根本沒有權利受到侵害的情況下，訴願必定是不受理，行政訴訟也一定駁
: 回。
: 現在台大校長的爭議，是停留在「沒有對外作成任何行政處分」的狀態。也就是說，自從
: 開啟了校長徵選程序後，歷經漫長的時日，主管機關始終沒做出任何處分。對於管中閔或
: 其他申請參與台大校長遴選的申請人來說，他們的申請案至今仍然是懸而未決的狀態。如
: 果管中閔真的想要救濟，就是以教育部為相對人（相對人不會是台大，也不是遴選委員會
: ），提起怠為處分課予義務訴願，遭駁回再向行政法院依行政訴訟法第5條第1項提起行政
: 訴訟。