無直接證據。例如查無相關指紋及破壞鐵軌的物證，或監視器拍到誰在搞軌。
當時李雙全夫婦和李泰安也在火車上，出軌時三人在現場有電視畫面為證。李雙全夫婦監視器有拍到進入車站，但檢方當時認為李泰安是後來先開車過去搞軌的，然後事故後再出現在現場(因為出軌之鐵軌常有火車通過，要先算好李雙全夫婦的火車剛好會於此時通過，才能事前進行搞軌)，但調查沿途監視器卻沒拍到李泰安本人及車牌。況且假如為了保險金而搞軌殺人，那麼謀殺者也將有死亡風險，搞軌計算之精準，令人驚嘆，任何方面含火車速度、出軌鐵軌之角度、現場樹木及山坡都會影響翻覆的車廂。一列火車令其出軌時，已經事先計算好第幾節車廂會翻覆，而謀殺者卻
能沒事，因為有可能也會發生自己的車廂翻覆而死亡，但謀殺對象的車廂卻沒事，也就是自己也會身陷於不特定殺人事故之中而死亡。有人形容是電影《絕命追殺令》的翻版情節。
嚴重依賴污點證人黃福來的證詞（實際上臺灣並無污點證人制度，只是借用國外制度來形容），僅一人自白的證詞不能當直接證據。
法醫與其他醫療機構對陳氏紅琛的死因達成不同結論，有關抽血檢驗毒藥的部分，曾多次翻案為不同毒藥或到底是不是毒藥而始終不一，且並無直接證據拍到陳氏紅琛住院期間被下藥殺死。甚至於2013年12月17日，檢察官更一審曾說「誠實跟審判長報告，我們沒有驗出任何毒物」。
在沒有人證(沒有人看到誰在搞軌，僅依賴黃福來的自白證詞。如同某甲指某乙殺人，某乙難道就因此被定罪?但此案確實如此)、物證(查無相關指紋及破壞鐵軌的物證，或監視器拍到誰在下藥、誰在搞軌，尤其是下藥部分，完全是檢察官臆測)的情況下被定讞。
台灣已經經歷過江國慶軍中冤死案件(一錯再錯、將錯就錯)及媽媽嘴事件(呂炳宏一開始被謝依涵誣陷為兇手)，南迴搞軌事件有可能成為日後翻案的對象。