我覺得你講得很有道理，而且有提出論文資料，雖然我也沒去驗證你的資料。
不過我有些疑惑一直以來不得解決，如下述這些：
※ 引述《iuvat (disquietude)》之銘言：
: 原文吃光光，
: 雖然我不是這方面的專家，但本魯曾經心血來潮做過小小的數學計算可以跟大家分享。
: 首先，同姓不能結婚這個問題(簡稱「同姓不婚」)最早可以溯及西周，基本上整個東亞
: 文化圈或多或少都有相關的規範或習俗在限定同姓氏的婚姻上，以台灣來說，我們對於
之前我提過一篇廢文〈日本自孝明天皇之後都有戽斗,是誰的問題?〉
底下推文有板友解惑：
推 EXZUSIC: 日本也是近親導致的吧？119.77.180.9 06/14 05:35
推 Peter521: 日本皇后都五攝家的人223.136.202.63 06/14 05:57
推 info1994: 圈子那麼小223.139.186.122 06/14 06:14
→ chart: 大正以前幾乎都近親繁殖，跟歐洲沒差多少101.9.197.35 06/14 07:27
推 chart: 昭和天皇的妻子香淳皇后也是有皇族的血統101.9.197.35 06/14 07:32
→ chart: 是明仁破天荒娶了平民美智子後才打破常規 101.9.197.35 06/14 07:32
我想，或許日本皇室是個特例吧，是否是因為日本天皇沒有姓名，
所以沒有姓氏問題？所以都能和自己的近親結婚？
: 同姓不婚的法律規定主要僅考慮幾親等內不結婚的狀況，並沒有對於同一個姓氏進行
: 規範，然而其實早期傳統上是排斥同姓婚姻的，著名的例子有台灣作家鍾理和跟鍾台妹的
: 婚姻，由於不被祝福，所以在當時遇到很多阻礙。
: 一般來說，禁止同姓婚姻的原因有二，第一擔心近親通婚基因缺陷的問題，第二則是以
: 姓氏作為地區集團的劃分方式，因此利用禁止同姓婚姻來壯大自己的勢力。行文至此，
這個就和我大學時讀到的不一樣了。
台灣早期移民社會，漳、泉、客、原都會械鬥，大部就是因為利益的原因，
什麼資源林業的開採、埤渠輪時灌溉之類有的沒有的。
有時候是A姓戰B姓，有時候是漳州戰泉州（其他的自己排列組合），有時候是大亂鬥。
在其中的不同州之戰，對立的不同州也是有同姓的，還是這樣對戰。
而且閩客之間也是會有同姓的人，但還是會戰起來。
這樣好像就和您的說法「姓氏作為地區集團的劃分方式」有些不同了。
但您說的應該還是有其道理，畢竟我讀的文章要翻找才能看到，看到也不知道幾年後了。
說出論點很難得，反駁或挑別人毛病很容易，所以請您別當成我與您在辯駁。
只是提供我所知道的給您參考。
只是明明是同姓，在台灣早期移民社會還會因祖籍地域不同而鬥起來，
而那些祖籍地域不過就是閩南的鄰近地區，祖先搞不好還是同一批人，
能夠因利益戰起來，還真的蠻不顧血緣親情的，是我多年以來未解的疑惑。
但新聞報過很多親兄弟為了家產鬧翻互告的事情，感覺好像疑惑自然得解。
總之還是覺得很怪就對了。
: 本魯就很好奇，在多少的人口下且在怎樣的姓氏下有可能會跟你同姓的跟你血緣很近，
: 舉例來說，陳是台灣大姓，那姓陳的遇到姓陳的感覺血緣就不太會很近，此外，如果在
: 大都市遇到跟你同一個姓的，感覺也不太可能是親戚，為了研究這個問題，阿本魯
: 不會跑資料庫也不知道怎麼做資料分析，所以我使用了改良版的two-parent的
: Wright-Fisher模型，去看說在不同的人口數跟不同的姓氏比例下，親等關係是否真的
: 同姓的會比不同姓的近很多，Wright-Fisher模型通常用在於基因染色體遺傳的數學分析
: ，而Yale有位教授發表在nature的論文裡利用這個模型去計算人類共通的祖先距今差幾代
: ，本魯就單純拿這個模型來跑親等關係(親等的定義採用台灣的定義)，發現了一些有趣
: 的現象:
: 1)即使人口只有不到一千人，不同姓之間跟同姓之間的親等並沒有差很多(平均差不到一
: 親等)，而且主要的差距來自於二等親的部分(自己的兄弟姊妹)，但老實說，通常
: 你會知道你的兄弟姊妹是誰，並沒有需要透過姓氏判斷。
: 2)如果限制同姓婚姻，在人口數少的狀況下，很容易造成姓氏的比例下降，達到的穩定值
: 大概都會低於10%，所以其實對於小村莊來說，禁同姓婚姻反而更容易讓自己的家族縮小
: (我覺得滿反直覺的，也有可能我少考慮一些要素)
: 綜上所述，根據本魯很廢的研究(因為我就用我的爛筆電跑所以只能做人口一千多人的
: 模擬)，其實禁止同姓婚姻於基因或於集團來說都好像沒什麼意義，或許以前會禁
: 只是單純因為對於基因的不了解而造成的差異吧，畢竟歐美很多地方自古就沒有
: 再禁同姓婚姻對於人類發展好像影響也不大，以上是我無聊時做的業餘分析的
: 感想，至於詳細內容因為不會發表我也有點懶得貼圖上來所以就當看看就好，
: 沒有peer review我也不是相關科系很難說這樣的分析真的是合理的，
: 感謝看到這裡的大家~~
: 相關文獻:
: 1.FISHER, R., On the dominance ratio. Proc. Roy. Soc. Edinb. 42: 321-341. 1922.
: 2.Wright, S., Evolution in Mendelian populations. Genetics 1931, 16 (2), 97.
: 3.Chang, J. T., Recent common ancestors of all present-day individuals.
: Advances in Applied Probability 1999, 31 (4), 1002-1026.
謝謝提供的意見，獲益良多。