2006年，面對社會對陳水扁貪腐的質疑，柯文哲對記者表示自己依然堅定挺扁，並強調：
「我不是淺綠，而是墨綠（即深綠）。」
2010年12月1日，柯文哲再次公開對記者表示，自己是深綠。 柯文哲每逢選舉，必定投入
綠營造勢場合。
2011年11月17日，柯文哲從宜蘭包車載大批醫師到台北，參加「醫界挺蔡英文餐會」，並
於會中發表感言：「我投蔡英文一票，快快樂樂去投，我們不用像他們（指藍營人士）一
樣，含淚、含血、含恨去投。」
2011年12月3日，柯文哲參與「醫界挺蔡英文後援會」的成立，在接受媒體專訪時說：「
九二共識就是下跪投降」。
2012年1月5日，柯文哲在蔡英文新竹造勢晚會中站台，以自己因「失誤愛滋器官移植案」
被懲處為例，痛批蔡英文在宇昌案中亦是遭抹黑，表示台灣「未落實人權法治」。
2013年1月15日，蔡英文敗選後，柯文哲說：「台灣還是不夠強的國家，所以92共識的恐
嚇效果，才能達到。」柯文哲積極參與小英之友會，並任常務理事。
2013年5月11日，柯文哲參加「908台灣國」聯盟所發起的「511新國名運動大會」，支持
該聯盟提議的「台灣共和國」新國名，並制定台灣共和國新憲法。柯在會場痛批「台灣」
、「中華民國在台灣」、「中華台北」等國名已讓國人精神混亂，認為「正名」、「制憲
」是台灣迫切要解決的2個基本問題。柯並說國民黨把台灣當旅社，「直接在床上大便就
跑掉」，不想永遠待下去。柯文哲與支持者參與撕毀中華民國身分證儀式，並與袁紅冰教
授共同擔任現場貴賓。
選甚麼？
就是一個真深綠的想裝中立
裝到真正綠的都開始緊張害怕
還有紅的也想來湊熱鬧
最後拼裝成在野大聯盟來對抗馬英丸罷了