總統：陳水扁
張俊雄（2000年5月20日－2000年7月28日）
游錫堃（2000年7月28日－2002年2月1日）
陳師孟（2002年2月1日－2003年2月5日）
邱義仁（2003年2月6日－2004年5月20日）
蘇貞昌（2004年5月20日－2005年1月31日）
游錫堃（再任，2005年2月1日－2005年12月15日）
馬永成（代理，2005年12月15日－2006年1月25日）
陳唐山（2006年1月25日－2007年2月6日）
邱義仁（再任，2007年2月6日－2007年5月20日）
卓榮泰（代理，2007年5月21日－2007年8月19日）
葉菊蘭（2007年8月20日－2008年3月26日）
陳唐山（再任，2008年3月27日－2008年5月20日）
扁潮的總府府秘書長一覽
8年換12人 厲害 不愧是我大阿扁