日本航空公布2025年夏季營運規劃，維持與2024年冬季相同如下。
而2024年夏季恢復的台北(桃園)＝大阪(關西)航線，2025年夏季沒有復飛。
台北(松山)＝東京(羽田)：每天2班
JL 96 TSA 09:10→13:20 HND 3:10 1234567
JL 98 TSA 14:20→18:45 HND 3:25 1234567
JL 97 HND 08:55→11:35 TSA 3:40 1234567
JL 99 HND 18:20→20:40 TSA 3:20 1234567
台北(桃園)＝東京(成田)：每天2班
JL 802 TPE 10:00→14:25 NRT 3:25 1234567
JL8664 TPE 12:40→17:05 NRT 3:25 1234567
JL8663 NRT 08:55→11:30 TPE 3:35 1234567
JL 809 NRT 18:10→20:45 TPE 3:35 1234567
台北(桃園)＝名古屋(中部)：每週5班
JL8670 TPE 14:05→17:50 NGO 2:45 -234-67
JL8671 NGO 10:40→12:45 TPE 3:05 -234-67
另外，全日本空輸同樣維持只飛台北(松山)＝東京(羽田)航線每天2班，
疫情前每天1班的台北(桃園)＝東京(成田)航線繼續停飛。