仔細看了一下 Class-1.cls ，其實是基於 revtex4-1 的擴充。
然後你的用法有誤，不是直接用 \footnote ，而是 \altaffiliation
詳細說明見手冊：
https://d22izw7byeupn1.cloudfront.net/files/revtex/auguide4-1.pdf
page 6:
IV.3. Specifying authors and affiliations
另外附上一個 TeX.SX 的類似問題:
https://tex.stackexchange.com/q/476892
（範例就不獻醜了，隨便試一下是可行的。）
※ 引述《cholauda (cholauda)》之銘言：
: 請教大大
: footnote前面的符號，有些用a, b, c,...
: \def\[email protected]{%
: \[email protected]{\@alph}{\@fnsymbol}{\csname [email protected]\@mpfn\endcsname}%
: }%
: 請問該怎麼修改，變成 *, \dag, \ddag, \S (四個就夠了)
: 懇請解惑，謝謝