我先前的第二個renewcommand少打了一個i。
總之，不管有沒有用enumerate package，都沒影響才是。
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\documentclass[]{IEEEtran}
\begin{document}
\renewcommand{\labelenumi}{\arabic{enumi})} % 重新定義數字清單第一層樣式
\renewcommand{\labelenumii}{\Alph{enumii})} % 重新定義數字清單第二層樣式
\renewcommand{\theenumi}{\arabic{enumi}} % 重新定義呼叫數字清單第一層樣式
\renewcommand{\theenumii}{)\Alph{enumii}} % 重新定義呼叫數字清單第二層樣式
\begin{enumerate}
\item\label{A1} asdf
\item\label{A2} asdf
\begin{enumerate}
\item\label{A3} asdf
\item\label{A4} asdf
\end{enumerate}
\item\label{A5} asdf
\end{enumerate}
\vspace{5ex}
\ref{A1}\quad \ref{A2}\quad \ref{A3}\quad \ref{A4}\quad \ref{A5}
% 得到 1 2 2)A 2)B 3
\end{document}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\documentclass[]{IEEEtran}
\usepackage{enumerate}
\begin{document}
\renewcommand{\labelenumi}{\arabic{enumi})} % 重新定義數字清單第一層樣式
\renewcommand{\labelenumii}{\Alph{enumii})} % 重新定義數字清單第二層樣式
\renewcommand{\theenumi}{\arabic{enumi}} % 重新定義呼叫數字清單第一層樣式
\renewcommand{\theenumii}{)\Alph{enumii}} % 重新定義呼叫數字清單第二層樣式
\begin{enumerate}
\item\label{A1} asdf
\item\label{A2} asdf
\begin{enumerate}
\item\label{A3} asdf
\item\label{A4} asdf
\end{enumerate}
\item\label{A5} asdf
\end{enumerate}
\vspace{5ex}
\ref{A1}\quad \ref{A2}\quad \ref{A3}\quad \ref{A4}\quad \ref{A5}
% 得到 1 2 2)A 2)B 3
\end{document}
※ 引述《cholauda (cholauda)》之銘言：
: 感謝大大幫忙，小弟嘗試過後得到以下結果：
: - 使用\usepackage{enumerate}，那\ref結果不變，仍是"Aa"
: - 不用\usepackage{enumerate}，會影響到第二層，也就是會變成都是同一個英文字母
: 1...
: A....
: A....
: 2.
: B....
: B....
: 懇請解惑，感激不盡
: ※ 引述《andrew43 (討厭有好心推文後刪文者)》之銘言：
: : 不確定有沒有什麼副作用，但原則上是要重新定義
: : \labelenumi
: : \labelenumii
: : \theenumi
: : \theenumii
: : 見以下完整例子
: : %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
: : \documentclass[]{IEEEtran}
: : \begin{document}
: : \renewcommand{\labelenumi}{\arabic{enumi})} % 重新定義數字清單第一層樣式
: : \renewcommand{\labelenumii}{\Alph{enumi})} % 重新定義數字清單第二層樣式
: : \renewcommand{\theenumi}{\arabic{enumi}} % 重新定義呼叫數字清單第一層樣式
: : \renewcommand{\theenumii}{)\Alph{enumii}} % 重新定義呼叫數字清單第二層樣式
: : \begin{enumerate}
: : \item\label{A} aaa
: : \begin{enumerate}
: : \item\label{Aa} bbb
: : \end{enumerate}
: : \end{enumerate}
: : \vspace{5ex}
: : \ref{A}
: : \vspace{5ex}
: : \ref{Aa}
: : \end{document}l
: : %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
: : 這和 IEEEtran 也沒什麼關係，latex應該都通用。