最後真的各式各樣的爆點都出來了
大致上整理一下
在本篇出場的卡爾‧克勞思全部都是冬真父親，孟德爾博士所扮演
真正的卡爾克勞思在數年前因病身亡，死前將剩下的工作交給孟德爾博士
順便以這個身分保護他的生命安全，孟德爾的主要目的是毀掉即將在這個都市完成的
「清單」，守護特甲兒童的安全，讓那些犧牲眾多生命的人得到應有的報應
而孟德爾博士因為罹患癌症，生命已到盡頭
於是想讓海嘉作為第三代的卡爾克勞思，繼續這份工作
螢跟皇是博士的協助人，螢的大腦成為了犧腦體《奧菲斯》，
在孟德爾博士的手上用來入侵主伺服器得到資訊進行訊息遊戲
而螢的意識則設定在皇的右手，這是螢的希望
「要拿拿看你以前的隊員嗎？」
孟德爾博士原來是這種人啊...
海嘉也試著作了一個訊息給MPB大隊長，結果相當卓越
不過孟德爾看出她不願傳訊息給兩人，MPB副長法蘭茲跟妮娜
「我懂這種感覺，我也沒辦法傳訊息給巴洛，
因為會忍不住想到他在兒子面前或妻子墳前開啟訊息的樣子。」
孟德爾博士也說了他自己是如何進行訊息遊戲的
首先，要跟獄方還有囚犯打好關係
例如：跟水無月的母親打好關係就得到了跟全世界的駭客連絡的手段
另外他也跟某些恐怖組織例如：《塔夫塔》關係很好(焱第二集)
每年新年都會送賀年卡給首領瑪姬露達婆婆，然後還勸說她參加全球科學發表會
而開發顧問中背叛的人，是提案研究顧問提歐‧卡拉斯
他企圖利用鳳的腦內晶片來控制特甲兒童，初出擊事件就是因此而發生
但是由於孟德爾博士先行竄改了鳳的腦內晶片的程式碼而失敗
這次出動了兩個犧腦體《尼貝龍根》《九姊妹》才成功讓鳳加入
不過控制還不完全，導致鳳現在的狀況十分不穩定，隨時有可能大開殺戒
要救出鳳的時機只有這個時候
犧腦體《尼貝龍根》是用舊Infinity(鳳以前所待的教團)裡的小孩作的
而自爆事件是為了隱瞞犧腦體以及處決那些因小孩被作成犧腦體而瘋狂的家人
本犧腦體包含了鳳的弟妹們的大腦...
而鳳的腦內晶片特殊之處在於，一般特甲兒童是58個，鳳是59個
第59個晶片是讓因爆炸事件成為植物人的鳳甦醒的特殊晶片
而涼月與吹雪兩人的腦內晶片也是特殊功能，
因為他們兩人的大腦是天生無法使用四肢，所以可以移植特殊的腦內晶片
(涼月四肢無法伸展，吹雪無四肢)
這個晶片是為了預防特甲兒童的心流、搖籃、幻覺等異常狀況
有著讓特甲兒童的精神安定的狀況，像是蒼穹第一部最後四機連結的情形
所以敵方在這次的事件拼命的想殺了涼月，因為涼月一死特甲兒童就等同全滅
吹雪在這起事件當中逐漸想起孟德爾博士過去曾經對涼月、吹雪講過上述事項
所以他偽裝成冬真去領出孟德爾博士的遺產(原型車)，從中發現有關涼月的資料
並且取出孟德爾博士所留下有著世界上最強力運算功能的晶片
將其當成在電子戰中的最後手段
在吹雪倒下後，冬真收到吹雪給他的最後訊息
裡頭為了擅自動用給冬真的遺產致歉，
並且希望冬真能去那輛車裡拿出吹雪自己的研究成果跟解析結果
車內檔案有
提案課《光輝系統》報告、心理課的《魂》報告、
設計課的《ガラテア・コンプレックス》報告
吹雪自己的研究成果、吹雪的腦內晶片分析結果
最後一個研究結果+吹雪遺言，需要關鍵人物的聲音才能解鎖
這也是第一集最後冬真會跟涼月會面的原因
雛決定脫離MSS，潛入地下，並且想對夏琳跟三眼切斯展開報復
為了這點她拆了兩個犧腦體兵器，取得內部的犧腦體
並且將被軍方暗藏起來的《太公望》拿到手中
培養專屬於自己的4JO病毒
雛本人看到這些景象的心得：
被檢察官看到這些景象到底會判幾年啊，不過我原本就是無期徒刑沒差...
原本她認真考慮要將鳳殺了，毀掉她的腦內晶片，或是等到兩敗俱傷時解決夏琳
但是因為水無月而打消念頭，水無月現在的狀況比雛還慘，但他依然想要幫助雛
最後她決定要為了水無月、冬真，為了大家奪回鳳
「我知道了，不要哭，我支持你，雛小姐」太公望在聽到她的決心後這樣回答
本集最後因為都市規模的情報汙染，所有交通動線全部塞車
地下道因為AP炸彈的關係全部進水
用電腦控制的交通工具全部不能使用
MSS跟MPB人員跟工具連決戰的戰場都進不去
於是涼月想到利用文化委託的蒸氣火車前往戰場，
由於也有貨車台，運送工具跟車輛也沒問題
因為找不到煤炭，所以用沒收的鑽石原石當成燃料
「這一鏟下去是幾萬，不，幾十萬英鎊啊...」
第二部最後所有伏筆一個一個解明的過程真是太棒了
第三部到底什麼時候出啊...