到作者的Github發問，得到解答了！！
https://goo.gl/xlxaEf
enable flash in preferences > security > plug-in settings >
adobe flash player and enable it for all
預設把Safari的Flash打開，全部交給Clicktoplugin負責處理即可。
※ 引述《Roy75117 (優酪乳)》之銘言：
: safari10有一項更新就是預設載入html5
: 但這項功能好像衝到clicktoplugin
: 導致現在clicktoplugin無法正常運作。
: youtube會無法播放影片，其他的就會變成用官方網站的html5播放器播放。
: 但clicktoplugin的html5播放器比較好用，也可以右鍵下載影片和send to airplay
: 順便看了一下clicktoplugin，好像3.2已經是最後一版，不再更新的樣子。
: 請問這樣還有解嗎？