以下簡單論述個人想法。
這兩者基本上是互為表裡的關係。
詳細去了解資源基礎論和競爭優勢論能有更清楚的認知。
核心能耐，是以資源基礎論為基準(內構論點)，
強調企業透過所能掌握之各種資源累積的組合、運用與看法(主要受領導者影響)，
形成關鍵知識(如管理規則、組織文化等)與關鍵技術(如專利、動作分析等)，
最終使企業在某些領域或方面達到數一數二的地步，
ex.例如GOOGLE的崛起、微軟的發跡等。
核心能耐的發揮，主要在高層團隊所凝聚的人的表現、思維價值與堅持，
進而形成公司上下各部門、員工整體的一個概觀。
可以參考那部facebook電影和賈伯斯傳。
你所說的競爭優勢來源，當然就是競爭優勢論所強調的內容，這是透過環境/領域/產業，
整體比較而來的外構論點，強調產業內因某企業擁有不同於其他競爭者的
特質/能耐，而形成獨特優勢，技壓群雄。
競爭優勢的來源，通常表現在該企業在該產業內的數面向之一或合集：
1.有相對夠好的產品品質與夠低的成本、2.有獨特的技術或資源、
3.能不斷提高進入障礙、4.能投入更多資源排擠對手。
ex.最清楚易懂的例子，就是不斷的購併、購併再購併，
看看諾基亞最近賣給了誰、摩托羅拉又被誰買走、
還有知名公司在全世界各國的專利權與申請禁賣令官司等。
兩者的關係：
企業崛起之際，著重在核心能耐的發展，隨著成功獲取市場青睞與遠景，開始壯大，
會逐漸形成公司的關鍵知識(ex.風氣)、與技術(ex.專利)，
(題外話：在這部分當然受領導者影響很大，ex.賈伯斯的蘋果崛起史、郭董的鴻海。)
在開始向外擴展多角化、跨領域或垂直發展階段，
核心能耐的外在表現成為競爭優勢來源，
有更多的錢、人脈、鎂光燈等 能夠幫助企業獲取競爭優勢並鞏固優勢，
形成產業內的焦點。
ex.之前也有報導國外某殘疾者臨時等班機後補，因為沒位子，
結果總經理讓他直接搭頭等艙(領導者的思維價值影響)，
讓該公司獲得好評與曝光，加深品質印象(競爭優勢強化)。
這樣大概能比較清楚兩者異同了。
相同點：都是企業成功的關鍵。都是企業擬定策略的基礎。都是一種綜合能力。
是一種互為表裡的轉化。都會隨著環境的變化而改變傾向/比重。
差異點：內構與外構觀點。基礎論點不同。
核心能耐強調人，競爭優勢強調手段。
直接影響不同─核心能耐主要影響內部(內而外)；
競爭優勢來源主要影響產業/外部(外而內)。
結論：兩者本質不同。
題外話：資源基礎論，偏向1950修正理論時期觀點，強調內而外的行銷思維，
著重只要搞定資源(來源)的取得、整合與運用就好。
競爭優勢論，偏向1980整合時期觀點，強調環境的變化影響，
是外而內的行銷思維，除了資源要搞定外，更著重控制環境為我所用。
以此來看，兩者不是相對並立的觀點(只是教科書都放在一起講)，
而是一種逐漸演進的思維。
以上是個人的想法，提供參考。