在2007年後，陸軍師指揮機構被完全裁撤，精進案後的國軍地面部隊基本放棄跨作戰區打擊
任務，轉而改成各區獨立固守。而裁撤師指揮機構後則是以作戰分區的形式來指揮作戰區內
所有的旅級部隊，由憲兵編組的台北衛戍區指揮部也取代衛戍區司令部作為衛戍區的師級部
隊指揮。所有作戰分區皆為少將軍階，且指揮官兼任作戰區副指揮官，絕大多數作戰分區指
揮部皆為教準部單位動員而成，一個作戰分區至少對應一個可登陸的灘頭。第一作戰區並無
配置作戰分區，第二作戰區僅台東地區有台東作戰分區。
台北衛戍區指揮部－配屬第三作戰區
2005年編成，由憲兵202指揮部戰時編組
前身部隊：台北衛戍區司令部
蘭陽作戰分區指揮部（黃龍部隊）－配屬第三作戰區
2005年編成，由蘭陽地區指揮部戰時編組
前身部隊：51師指揮機構
台北作戰分區指揮部（虎嘯部隊）－配屬第三作戰區
2007年編成，由關渡地區指揮部戰時編組
前身部隊：26師指揮機構
桃中作戰分區指揮部（精是部隊）－配屬第三作戰區
2004-2007年間編成，由裝甲兵訓練指揮部戰時編組
前身部隊：裝甲兵訓練指揮部暨裝甲兵學校
新竹作戰分區指揮部（捷豹部隊）－配屬第三作戰區
2004-2007年間編成，由陸軍部隊北區聯合測考中心戰時編組
前身部隊：裝甲兵第一師
中苗作戰分區指揮部（精訓部隊）－配屬第五作戰區
2004-2007年間編成，由砲兵部隊測考中心戰時編組
前身部隊：不詳
雲嘉作戰分區指揮部（潼關部隊）－配屬第五作戰區
2004-2007年間編成，由陸軍部隊南區聯合測考中心戰時編組
前身部隊：第二考核指揮部
台南作戰分區指揮部（飛鷹部隊）－配屬第四作戰區
2004-2007年間編成，由飛行訓練指揮部戰時編組
前身部隊：陸軍航空訓練指揮部
岡南作戰分區指揮部（湯山部隊）－配屬第四作戰區
2004年編成，由砲兵訓練指揮部戰時編組
前身部隊：砲兵訓練指揮部暨砲兵飛彈學校
高鳳作戰分區指揮部－配屬第四作戰區
2006年編成，由海軍陸戰隊指揮部戰時編組
前身部隊：海軍陸戰隊司令部
潮屏作戰分區指揮部（金湯部隊）－配屬第四作戰區
2004-2007年編成，由步兵訓練指揮部戰時編組
前身部隊：陸軍步兵訓練指揮部暨步兵學校
台東作戰分區指揮部（鎮東部隊）－配屬第二作戰區
2004-2007年編成，由台東地區指揮部戰時編組
前身部隊：步兵210師（光武部隊）