我的狀況跟原PO很類似，
但是我是還原原廠設定後重新下載LINE之後碰到二階段認證問題。
而且剛好就在4月27號LINE公司剛改認證方法的第一天 =_=
我第一時間就寫客服信過去，隔天才收到回覆，說系統查不到我的帳號
要我提供更詳細的說明...
我再回覆後，就石沉大海了......
一直到昨天晚上(5/1)，想說都還沒有消息，就再寫了一次問題反應表
https://contact.line.me/zh-hant/
今天中午終於接到回信
http://imgur.com/I6wbVwt
重新下載LINE後，輸入綁定的email、密碼跟手機號碼後，終於可以正常使用了...
以上給大家參考!!!!!