小弟最近試著想用Perl寫CGI來跑BLASTP
功能是想從網站上接收資料存成一個fasta檔,來跟我建好的資料庫跑Blastp,
但是跑到system指令的時候卻沒出現text.txt,不曉得是不是我漏了甚麼東西?
#!c:\perl64\bin\perl.exe
use CGI;
$q=CGI->new;
print "Content-type: text/html\n\n";
print "<HTML>\n<HEAD>\n<TITLE>Result</TITLE>\n<BODY>\n";
$sq=$q->param('SQ');
print $sq;
open FOUT, ">output.fasta";
print FOUT $sq;
close FOUT;
$blastp_cmd="blastp.exe -task blastp -query output.fasta -db AFP.fasta
-out text.txt";
system("$blastp_cmd");
open FP1,"<text.txt";
while(<FP1>)
{
print $_."\n";
}
close FP1;
print "</BODY>\n</HTML>";