[問題] DNA 問題 zha0 PTT批踢踢實業坊

[問題] DNA 問題

作者: zha0 (這個帳號是掛網用) 2016-06-26 14:49:55

我只有一個很簡單的問題想請教 XD
但我不知 python 有什麼 library 好用, 一直不想自己寫,
因為覺得會有 library 可以直接做掉 .
如果我有 1,2,3,4…9 , 把他想成 TGAC 的排序組合,
然後有多串 TGGAGGCAATGGCGGCCAGCA, GACTCCTCCTCCTCCTGCTCA...
那我要怎麼比出二串中所有一樣的 sequence
感謝

作者: ccwang002 (亮) 2016-06-26 16:01:00

seqeunce alignment 不簡單啊…我不懂是兩串還是多串就兩串而言，global 或 local alignment 用不同演算法分別是 Needleman-Wunsch 及 Smith–WatermanPython 的話可以用 skbio.alignment 底下的功能不考慮 gap 的話，內建 difflib.SequenceMatcher 即可

作者: Neisseria (Neisseria) 2016-06-26 19:20:00

如果有很多序列，跑 BLAST 比較快，然後再慢慢過濾BLAST 可以下載程式，在本地端跑

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