大概看了一下，其實和 Python 關係不大，主要是 Linux 的問題
目前分成兩個問題
1. 使用者權限
2. GNU/Linux 系統套件 vs. Python 社群套件
一般使用者能動的就家目錄 /home/$(whoami) 和 /tmp 等少數目錄
/usr 不是一般使用者能動的目錄
要動 /usr 就要用 sudo 提升使用者權限
但不太建議直接用非系統套件寫入 /usr
比較好的方法是用 pyenv 在家目錄建一個自己的 Python
玩爛了直接砍掉，不會動到系統檔案
GNU/Linux 發行版會把 Python 或其他語言的套件再包一次
所以就會出現 juypter-notebook 這類 DEB 套件
但這些發行版包的版本會略舊，而且有些冷門的套件不會包
還是比較建議用 pip、pip3 之類的軟體去裝
所以最好的方法還是用 pyenv 裝 Python
然後就可以放心地用 pip (或 pip3) 裝 Python 套件
[Update]
修正筆誤：plenv for Perl, pyenv for Python