Mac 直接參考 Rmpi 設置網頁即可 , 有安裝home brew 的話 , 基本上
沒大問題 , 不熟home brew 安裝的人可以直接查 home brew 網頁,已經
整理到只要把上面那行原封不動貼到 command line 即可安裝好home brew
由於小弟有點菜加上手邊機器都是借別人的 , 版本跟系統都很亂 , 才
會搞了好幾種 , 感謝 W 大還有 C 大詳細的指教
=================Linux Ubuntu 快速安裝============================
1. 把OpenMPI裝好 (安裝過程本內容有寫)
2. 回去R安裝其他的.......... end
由於我照參考連結還是會遇到自動抓取常常說找不到或版本不行 , 如 Wush 大所說
如果單裝openmpi , 依舊不能用 還要裝很多東西,所以我直接加了apt-get的默認字
元 "*"
一行解:
sudo apt-get install openmpi-* libopenmpi-* openssh-*
參考連結:
(過長 縮網址會被當廣告 請自行拼貼)
http://lsi.ugr.es/~jmantas/pdp/ayuda/datos/instalaciones/
Install_OpenMPI_en.pdf
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==========================CentOS 保險版安裝===================================
1. 下載 OpenMPI
OpenMPI 參考網頁
https://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.10/
OpenMPI 安裝影片
https://www.youtube.com/watch?v=QIMAu_o_5V8
2. 設定環境告知mpi 位址(此段請加入 .bashrc):
export PATH=/home/user_local/openmpi_install_dir/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/user_local/openmpi_install_dir/lib:$LD_LIBRARY_PAT
export LD_PRELOAD=/home/user_local/openmpi_install_dir/lib/libmpi.so:$LD_PRELOAD
(第三行是在你一直跳load 問題用的)
3. Compile Rmpi (請確定抓好了Rmpi):
R CMD INSTALL Rmpi_your_version.tar.gz \

要跑的機器請全部都一樣的作業系統, 一樣的R版本,一樣的安裝方法... 最方便的就是全部都Ubuntu, 然後用apt-get 裝。你就會發現我過去寫的文章都是多餘的，因為linux上安裝簡單到不需要guide, 而其他作業系統就算裝完也很難用RAM不是重點呀，環境才是重點... CentOS的話，自己去抓OpenMPI來編譯也不會太難不管怎麼說，我建議環境在Cluster上一定要要一模一樣R的執行路徑, MPI的執行路徑, 所有R套件的安裝路徑...然後ssh全部都設定暢通, 讓彼此ssh都是輸入後直接登入弄完之後，Rmpi / pbdMPI(我更推) 都是水到渠成

嗯嗯 , RAM方面主要是有一個人請我幫忙的東西,很燒RAM感謝Wush的建議,我還要多爬爬文,之前太習慣直接用root設定東西,現在這個狀況我還要爬一下怎麼處理我其實有想過是否可以改他的算法,讓存取的東西分開計算再做最後的合併寫入,但我覺得我功力還不夠.....我今天早上是已經裝好OpenMPI,但編譯卡在R的路徑設定一直抓不到mpi的 header

以ubuntu為例，要裝 libopenmpi-dev, 光openmpi-bin不夠