[問題] 用lsmeans做ANOVA post hoc分析

作者: salutyz (寫給城市的詩)   2016-12-26 10:38:32
[問題類型]:
程式諮詢(我想用R 做某件事情,但是我不知道要怎麼用R 寫出來)
[軟體熟悉度]:
請把以下不需要的部份刪除
新手(沒寫過程式,R 是我的第一次)
[問題敘述]:
請簡略描述你所要做的事情,或是這個程式的目的
有A,B,C三個factors的repeated anova (type III),已經跑出anova的結果,想要繼續做post hoc
要用lsmean和constrast的方式(這是依據同領域朋友的建議,不過他是用SAS裡proc glm 去跑底下 lsmeans ( for simple main effect) 和contrast(for differences)
查了很多資料用下面的程式跑之後
在ref.grid()和lsmeans()都出現Error message
Warning message:
In lsm.basis.aovlist(object, trms, xlev, grid, ...) :
Some predictors are correlated with the intercept - results are biased.
May help to re-fit with different contrasts, e.g. 'contr.sum'
不確定要怎樣修改才對..... orz
[程式範例]:
fit.1 <- aov(value~A*B*C+Error(Subject/(A*B*C)),data=work.1)
(late.rg1 <- ref.grid(fit.1))
lsmeans(fit.1, "A")
[環境敘述]:
請提供 sessionInfo() 的輸出結果,
裡面含有所有你使用的作業系統、R 的版本和套件版本資訊,
讓版友更容易找出錯誤
R version 3.1.3 (2015-03-09)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.10.5 (Yosemite)
locale:
[1] C
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] lsmeans_2.20-23 estimability_1.1-1 car_2.0-25 nlme_3.1-126
[關鍵字]:
選擇性,也許未來有用
因為是超新手
所以折騰了好幾個禮拜
跪求各位高手幫忙
感激不盡(跪)
作者: celestialgod (天)   2016-12-26 18:53:00
你資料問題,要看資料
作者: salutyz (寫給城市的詩)   2016-12-27 00:15:00
啊!是EEG data的資料,一個變數是condition(4 levels)另外兩個變數是收資料的電極,分前後位置(5 levels)和左右(5 levels)
作者: andrew43 (討厭有好心推文後刪文者)   2016-12-27 02:09:00
參考本板 #1No0yAxH但A*B*C要先平攤成簡單主效應或是你說明白你預期結果是什麼

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