[問題] Multiple ggplot2 plots on 1 page

作者: luenchang (luen)   2023-06-13 15:22:54
[問題敘述]:
先謝謝上週h大回覆關於如何畫圖的第2個x軸。之後我試著把code作延伸,改成給數據庫
裡的27個病人 (SUBJID) 每個人畫一個圖,並且在同一個頁面排成3 x 9 (ncol=3,
nrow=9)的多圖。目前我是把ggplot2的程式用for loop給每個病人生成一個plot object
,然後以他們的SUBJID 為字根將plot object命名,例如plot.017_306, plot.017_313,
plot.023_302。
我Google了幾個網頁及stackoverflow, 大部分多圖排列是用類似以下的方法:
ridExtra::grid.arrange(plot.017_306, plot.017_313, plot.023_302, ncol=3,
nrow=1)
不過,因為plot objects 的數量多,我不想一個個地列出來。很有可能其他要繪圖的數
據有更多的病人。
我接著用以下程式把所有 plot objects 放進一個list:
# Add all plot objects to a list
pattern.plot.objects <- "plot.\\d{3}_\\d{3}"
plot.list <- list(ls(pattern = pattern.plot.objects))
再想辦法用這個list產生多圖 :
ggpubr::ggarrange(plotlist = plot.list, ncol=3, nrow=1)
# In as_grob.default(plot) :
# Cannot convert object of class character into a grob.
cowplot::plot_grid(plotlist = plot.list, ncol=3, nrow=1)
# Warning message:
# In as_grob.default(plot) :
# Cannot convert object of class character into a grob.
gridExtra::grid.arrange(grobs= plot.list, ncol=3, nrow=1)
# Error in gList(...) : only 'grobs' allowed in "gList"
do.call(what = "grid.arrange", args = c(plot.list, ncol=3)) # Error in
gList(...) : only 'grobs' allowed in "gList"
以上每個code都產生error, 多圖也沒產生。我再用error message也是沒找到有用的除錯
程式。
不過,我不想用的方法
gridExtra::grid.arrange(plot.017_306, plot.017_313, plot.023_302, ncol=3,
nrow=1)
倒是有產生多圖:
https://hackmd.io/_uploads/H1s90rHD2.png
另一個問題是,我也需要把legend放進圖區裡面,目前是放在圖區外上方,legend內容量
大的圖y軸會被擠壓。不知道要如何將所有
圖y軸的長度變為等長?
[程式範例]:
為了簡化例子,我的程式只提供了3個病人的數據。程式貼在 Arrange multiple
ggplot2 plots on one page 這個部分,
網址為 https://hackmd.io/@Chang/adverse-events-gantt-chart
已經會ggplot2 多圖的大大,先謝謝了。
作者: luenchang (luen)   2023-06-13 17:17:00
我把list放到for loop裡面,已經可以產生多圖了。程式在hackmd note裡已經更新。目前的問題變成美學方面的,例如如何縮減小圖之間的間距。或是能將bars在y軸上的位置往底部移動
作者: hohiyan (海洋)   2023-06-14 01:17:00
可以說明一下要把多個不同subjid的圖放在一起的目的嗎?依目的的差異,用來呈現圖表的方式也不同最簡單的方法:既然變項都一樣,那用 facet_wrap 就可以想要3x3的圖,那就每次抓9個subjid出來跑之類的facet_warp(~ subjid, nrow=3, scale="free")如果目的是把跑出來的圖可以一次放在一個檔案給別人看那搭配 Quarto 或 RMarkdown,在排版上也會比較容易
作者: Gjerry   2023-06-18 15:31:00
也可以用 patchwork 來合併圖

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