分辨的方式就是看腹甲的盾甲如下圖，棕靴靠近前肢左右二側的三角形盾甲不會連在一起，而黑靴則是會連在一起。如果要看彩色版照片可以點這裡。
http://i.imgur.com/M9srTg1.jpg
成體的部分，黑靴會比棕靴大隻。
棕靴 背甲長 50cm ，體重20kg
黑靴 背甲長60cm，體重37kg
關於顏色的部分，有資料是說用顏色區分這二個亞種是不可靠的(主要是看腹甲)，但也有說法是黑靴顏色可能會比較深。
抱怨一下，會有很多人會以靴腳陸龜是中國上古神獸玄武當作賣點，這說法有很大的問題，因為玄武指的是在北方，可是靴腳陸龜棲地在中國南方阿，甚至不在中國的境內。
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參考資料
Differentiating the two Subspecies of the Burmese Mountain Tortoise (Manouria emys emys and Manouria emys phayrei) - Chris Tabaka, DVM
https://goo.gl/jvC7DH
Asian tortoise (Manouria emys)
https://goo.gl/LSMtsT
Manouria emys (SCHLEGEL & MÜLLER, 1844)
https://goo.gl/872F6t
推廣社團
桃園龜龜爬蟲飼養交流
https://goo.gl/xh8KPK