1-3的大綱可以看#1C7slWmo這篇
透過西格瑪晶片的力量復活的依克斯(iX)找到了洛克人X的強化膠囊，
利用極限的力量把膠囊跟自己融合 變成G依克斯(Grow iX 這次的閃卡2號)
G依克斯再利用跟極限融合的膠囊復活了過去的敵人
依克斯軍團四人眾：酸性海馬R、水晶蝸牛R、冰凍水牛R、螺旋犀牛R(卡片未登場)
依克斯軍團兩大幹部(Confuse a Stoner)：Himmel(閃卡5號)和Berg(閃卡6號)
Himmel(挪威語「天空」)：暴風鐵鷹、冰凍企鵝、音速鴕鳥的融合體
Berg(挪威語「山脈」)：烈火朱鹿、閃光巨虎的融合體
兩人可以再進一步合體成巨大的騎乘機器人
依克斯軍團襲擊了正在測試新型騎乘機械「瞪羚號改(Gazelle改)」的洛克人X與傑洛
瞪羚號改是把Megamission1代中被卡提斯破壞掉的瞪羚號改良的機型
洛克人X與傑洛各有一台專用機，可以在機車(閃卡3號)跟機器人(閃卡4號)兩個型態變型
洛克人X與傑洛的武器對依克斯軍團沒有效果
但兩人靠著無間的合作操作瞪羚號改全滅了依克斯軍團
這時G依克斯身上的膠囊暴走，G依克斯被母體極限反噬
為了要打倒G依克斯，洛克人X從Himmel身上取得了身體跟手部配件、從Berg取得足部配件
變成了新的裝甲 Grow Up Armor (閃卡1號)
G依克斯同時也反制了母體極限 再一次強化成為D依克斯(Doppler iX 卡片未登場)
由於知道自己力量還不足以打倒洛克人X，D依克斯試圖用自爆打敗洛克人X和傑洛
→戰鬥的結局究竟會如何呢?