1950年7月13日，出生於英屬香港九龍油麻地廣華醫院[12]。是家中五個孩子裡唯一的兒子。英九在家中排行老四[2]，小名弟弟[13]。
1952年隨雙親移居臺灣。先後畢業於臺北女師附小、大安初中、建國中學、臺灣大學法律系。民國57年(1968年)夏，參加成功嶺大專集訓班，分發到二團十五連。在開訓典禮中代表一萬多位學兵，向主持典禮的國防部長蔣經國宣誓[14]。民國61年(1972年)，日本與中華民國斷交，與同學至機場對椎名悅三郎示威，用雞蛋砸中其座車[15]。
大學畢業後後入伍服海軍預官役，任職於左營海軍司令部少尉後勤軍官。
1986年6月加入國民黨，旋即出任小組長及區委[16]。
1974年，取得國民黨中山獎學金赴美國留學。1976年，獲得紐約大學法學碩士（LL. M.）學位，同年與大學同學周美青結婚。
1980年11月長女馬唯中在美國出生。1981年，獲得哈佛大學法學博士（S. J. D.）學位。留美時期成立反共愛國聯盟，擔任美東區理事。並擔任《波士頓通訊》主編五年，撰文批判台獨、黨外及海外左派，屢次獲中央海工會獎勵，總計寫了十餘萬字。羅智強表示，因為都是「反台獨」的「愛國文章」，不能就說馬英九是職業學生。
1981年(民國70年)，在錢復的推薦下，返回臺灣擔任時任總統蔣經國先生的英文口譯。
1982年(民國71年)，馬英九以非公務人員身份擔任總統府第一局副局長，1986年 (民國75年) 通過甲等特考[17][18][19][20]。
1984年(民國73年)，出任國民黨中央黨部第三副秘書長，負責政黨外交工作。
1988年(民國77年)，出任行政院研考會主委[21][21]，兼行政院大陸工作會報 (陸委會前身) 執行秘書。
1990年任國家統一委員會研究員。
1991年升任陸委會副主委兼發言人，並當選國民黨不分區國民大會代表。進入內閣核心[編輯]
辯護國民黨政策，反對總統直選、支持委任直選
參見：總統選舉辦法修憲過程
1990年因國民黨發生後蔣經國時代最大政爭，分裂成主流派與非主流派，動盪的政局，引發了野百合學運，李登輝總統應民意的要求召開國是會議，會中提出總統直選不同版本。馬英九是當年國民黨修憲小組的主導人，堅持反對由人民直接選舉，主張維持由國代委任直選。1992 年3 月，民進黨及無黨籍國代合組「總統直選聯盟」發動419大遊行，上萬群眾走上街頭。1993 年1 月李登輝赴國大臨時會發表國情報告，民進黨提出請聽「台灣人民的聲音」的國是建言，朝野國代爆發激烈的肢體衝突。經過多年努力，最後李登輝做出總統直接民選的決定，終於在1994 年7 月28
日，通過修憲改為總統直接民選[22][23][24][25][26][27]。1993年，連戰出任行政院院長，馬英九受邀出任法務部部長。[28]
1994年，將「中央肅清煙毒協調督導會報」改組為「中央反毒會報」，壓制毒品供應與需求。[29][30][31]
1993年時，社會上時常發生原住民少女遭誘拐賣淫的童妓問題，引起社會震怒，時任法務部長的馬英九在出席反童妓路跑時，宣示有很大的決心消除童妓，1995年時通過「兒童及少年性交易防制條例」，此後相關的犯罪率降到原本的1/10以下，終結台灣童妓問題。[32]
1996年，誓言大力查賄。半年內，在全台883位縣市議員中起訴了341位，裡面的國民黨議員跑去告狀，說馬英九「動搖黨本」。在黨內壓力下，6月10日，被調任為政務委員[33]。馬英九查賄肅貪差點剷掉國民黨基業，最後因此被撤換，李登輝私下斥馬用批評黨來建立個人聲望，「國民黨差點被他搞垮」。[34