回報一下，寫信給他們後收到了一封罐頭回覆，沒有直接解決問題。
昨天再重新備份一次舊手機5s，之後再自舊手機還原備份到 SE，
進line後發現要2階段認證，依照說明做2階段認證就順利進入新手機的 line了，
也一切資料都照舊正常運作。
※ 引述《satyricon (Rock of Ages)》之銘言：
: 最近入手 iPhone SE，到手後直接從原有的 iPhone 5s 最新備份整機還原。
: 我從3GS一路升來都是這樣做，也都是經由 iTunes。
: 之前同一支5s手機做過一次還原到 iPhone 6S，還原後line的icon正常出現
: 但點了line後出現要confirm的介面，選擇confirm後，
: 要輸入email及密碼，我輸入後要求輸入PIN，再輸入PIN後出現畫面說
: invalid email address/password 或 email 沒跟line註冊，
: 但我回到舊機確認都是對的，後來等了一天再試一次即可以以原密碼登入了。
: 後來因為iPhone 6S實際用起來太大隻，退了繼續用5S。
: 但這次還原後我已經等了一週，目前還是無法用我確定正確的密碼登入Line，
: 問題在於目前似乎line只有iTunes此法可以完全還原 line的紀錄，群組和貼圖。
: 所以應該不能砍掉 line app重裝，所以不知大家有沒有遇過類似情形，應如何解決？
: 謝謝。