主角在關閉「時光機」後，出現了一群神秘人
他們驅使著特殊的黑暗太晶化入侵帕底亞
https://i.imgur.com/uVL0aLl.jpg
黑暗太晶化後的寶可夢不但有原本太晶化的特性
跟他戰鬥時能力值會被壓制為自己的等級-10
且無法計入努力值、個體值
而主角打到最後，發現也慈才是真正的幕後黑手
原來神秘人來自另一個黑暗時空
過去想入侵帕底亞
但陰錯陽差的被博士發明的時光機干擾時空
只有也慈是唯一穿越成功的第一位神秘人
而時光機的內部也有特殊力量能讓她無法接近
因此她偽裝自己，並且利用聯盟培育主角們
最後成功讓神秘人大舉入侵
而主角們唯一的希望
就是找出朱/紫的另一位博士(朱找男、紫找女)
提取時光機的力量重新干擾黑暗時空
並打倒也慈

第三神呢?

叫旅法師來處理