自問自答一下…
後來問了Canon客服，本來客服也不知道這個狀況，
詢問總公司之後給了我回覆：
http://imgur.com/a/aakMU
如圖，6D機身指定「AF-ON」這個按鍵的功能要設為
「測光與自動對焦啟動」，就可以正常運作了。
因為先前我把這個鈕設為閃燈曝光鎖，所以就沒辦法自動對焦。
提供給大家，如果有遇到相同問題的話～
※ 引述《Sniperdie ()》之銘言：
: 各位版友好，
: Ｃ家的用戶應該知道Canon早期有出一個 EOS Remote APP，
: 可以遙控攝影跟傳影像到手機平版，挺方便的。
: 後來跑出一個新的APP叫 Canon Connect，
: 他還會叫你都載這個新的，不要用舊的 EOS Remote了。
: 可是最近我有需求要使用這個APP的時候，發現它的自動對焦
: 完全不會作動。
: 本來用舊版APP正常運作的情況是，我在手機螢幕上可以觸控對焦
: （就是跟 Live view 的畫面一樣，只是在手機上操作，選擇白色
: 對焦框的位置來對焦。）
: 但是現在這個，它只有測光會因為我的白框位置而變，但對焦的
: 部分完全不動。而且這時候我換臉部對焦或另一種自動對焦（就是
: 會先黑屏然後突然對好焦的那一個選項），它還會一直顯示BUSY。
: 直接回去按相機的快門鍵，它也顯示BUSY，反正就是不能對焦。
: 唯一的辦法是APP有一個手動對焦控制的按鈕，他是可以作用的，
: 但自動對焦怎麼試都不行。
: 不知道有沒有C家用戶遇到一樣的問題？該如何解決......
: 反應有用嗎？跟誰反應XD
: 我的設備：
: 相機 Canon 6D (韌體有更新到最新，因為本來以為是韌體問題）
: 手機 iPhone 6 ( iOS 10.3.2 應該也是最新)
: 求救 PLZ!!