雖然鄭文昇成功強化文芳商號的武裝力量，然而這也帶給文芳商號沉重的財政負擔。為此
鄭文昇也針對文芳商號展開一系列組織與財務改革。
港主制度
文芳商號在暹羅、廣南國(南越)、鄭主(北越)、汶萊、呂宋以及馬來半島各處皆有商貿據
點為其帶來龐大利潤，剛開始這些據點依然主要聽從鄭文昇的號令發展壯大。然而隨著與
亞齊蘇丹國的競爭與日激烈，加上港務的事務處理變得更加複雜，鄭文生開始在各個地區
指派港主作為主要管理人員。
早在鄭文昇開闢吉蘭打的商貿時，他便指派鄭芳揚作為港主協助管理港務以及商貿相關事
宜。隨著商貿地點擴大，鄭文昇逐漸完善港主制度。而這些港主往往具有龐大權力，他們
旗下往往具有多個頭人，協助掌控當地的華人勢力，除此之外，港主也可以掌控各港口文
芳商號的進出口貨物，並代表文芳商號與該地區的蘇丹、酋長或是國王進行談判。然而港
主的權力不僅於此，港主還有一個重要更加重要的權力，那就是—放貸。
這些港主能夠手上港口貿易的部分收入，即時性的借貸給東南亞各處酋長、蘇丹甚至是國
王。一旦這些城邦或是國家需要更大資金時，他們也將做為橋樑讓鄭文昇能夠借貸更多資
金給這些有力人士，並進而逐漸掌控所需的情報，甚至左右該國的決策。
而為了避免港主私下或是堂而皇之地帶著資源跳槽到對立勢力，鄭文昇設下多重保障。第
一，鄭文昇所指派的港主主要以族內親戚與姻親為主，如剛剛所提到的，鄭芳揚便擔任登
嘉樓地區的港主。第二，雖然港主掌握港務，然而貿易所需的船隊依然掌控在鄭文昇的手
裡，藉此他能夠左右港主手上港務以及商貿相關的收入。最後，鄭文昇透過改善會計的方
式，達到能夠更加清楚掌控港主的效果。
六部結帳法
華人傳統的四柱結帳法主要記載舊管、新收、開除與見在，分別對應期初餘額、本期增加
額、本期減少額與期末餘額。鄭文昇參考葡萄牙人會計的方式，開創了六部結帳法，六部
結帳法分別記錄：在管(總資產)、債則(債務)、開除(費用)、總收(收益)、餘收(利潤)、
現餘(所有者權益)。此六部會在每季皆進行結算，並將此六部分別單獨建立成冊，唯有六
部皆能核對才算結算完畢。運用六部結帳法，鄭文昇能夠完整掌控各地港主的支出、收益
與現有的財力，同時六部結帳法也象徵東南亞社會進入商業革命的時代。