軍團菌的名字源於1976年7月在費城爆發的一種「神秘疾病」，該病共造成221人患病，34人死亡，患者大都為美國退伍軍人，因而被冠名為退伍軍人症。退伍軍人症被廣泛宣傳而造成一定程度的恐慌。
1977年1月18日，該病的病原體被確定為一種不為人知的細菌，隨後被命名為軍團菌。