和推文有不同見解，供原po參考。
依據金管會94年10月17日金管保二字第09402089130號含函說明二，
臺北巿政府處理消費爭議案時，發現有保險公司辦理實支實付型住院
醫療費用保險單保險金之給付時，以實支實付為理由，於應給付之保
險金中扣除被保險人自社政機關或慈善機構、公益團體所接受之救、
補助款項後之金額而為給付，惟查前開救、補助款尚非屬「住院醫療
費用保險單示範條款」、「傷害保險單示範條款」及「旅行平安保險
單示範條款」所稱「社會保險」之範疇，故不應予以扣除。
雖然你的個案中，補助醫療費用的機關和上述函示不同，但應該是可以適用的。
附上函示連結供參 http://ppt.cc/Yo1x
※ 引述《mystery (哇哈哈)》之銘言：
: 因為本身是醫院內員工
: 在院內手術自費部分費用和病房費用均有減免(約六折)
: 想請問申請實支實付理賠時 這些減免費用也會被扣除嗎?
: 還是照原價理賠
: 收據上是有列出雜費明細原價
: 減免部分是最後合併計算(無法知道每項醫療雜費減免額)
: 申請理賠時,保險公司會如何給付?
: 想請有經驗人士或相關保險員回答 謝謝!