因應教育部5月4日發函台大，指台大校長當選人管中閔違法兼職，台大應迅即重啟校長遴選程序案，台大今（12）日召開臨時校務會議討論後續因應作為。台大人事室表示，教育部5月4日以傳真方式到全國公立大學，調查教師兼任獨立董事狀況，發現全國有400例產學合作，台大有113例，且全國高達78%是追溯，管中閔並非違法兼職。
台大人事室表重申，台大專任教師申請至營利事業機構或團體兼職為例，台大有兼任獨董的人次是113，發文日晚於兼職的有106人次，是94%。
台大人事室指出，教師「經核准之兼職期間」與「產學合作契約及學術回饋金契約之有效期間」一致。 在完備所有程序之前，需要一段作業時間，管中閔並非違法兼職。
台大農經系教授官俊榮說，依據大學法，教育部不應該做實質審查，也不應該干預遴委會的獨立運作。
台大音樂所教授沈冬說，教育部的來文，「簡直就像是叫我們吞下一個不平等條約」，對於遴委會辛苦選出來的遴選委員非常不尊重，寧可相信網路傳言，其中在透過媒體騷擾台大跟行政單位，所有老師都被用的無心研究與教學，大家也許會想說教育部怎麼會是敵對的一方，但是教育部長甚至說「台大兩年沒校長不是我們的事」，這就是侵害校園學術自由、大學自主自治的精神。
沈冬說，台大都是社會的菁英，應該勇敢告訴教育部「我們不要這個不平等條約」，重啟遴選曠日費時，教育部也不一定會接受，請教育部趕快聘認。
法律學院職員代表吳玉芳呼應沈冬的意見，吳玉芳說，法務部給教育部的函，明示了特別法優先於普通法，就是遴選辦法優先於行政程序法，如果教育部要變更法務部的意見優先適用行政程序法，但不是這一次的遴選，只能將來適用，不然有違信賴保護跟法律不溯及既往原則。
法律學院學生會長童昱文說，行政程序法跟台大的遴選辦法有上下位階，不代表可以排除適用。另外，通例不能作為法律依據，兼職期間要跟契約一樣，即便這是對的，也不能在契約還沒訂定之前而溯即它的效力。台大若程序上不合法，教育部也不需要尊重違法決議。
醫學院基幹所代表陳沛隆說，他希望重啟遴選，這才是讓台大最快有校長的辦法，他認為，打行政訴訟會輸，因為我們理虧，我們自己規定不能兼職，但我們自己卻偷跑，所以理虧。
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教育部硬起來好嗎？
可不可以全部同標準處理，不要只針對一人