第一次地中海戰爭結束後，各國相安無事了幾年，南歐聯盟中，
里昂和巴伐利亞的遷都工作相當順利，
經過幾次國際會議的協調，准許讓兩國加入各國的殖民競逐當中
分別在東南亞、馬達加斯加，以及南美的前印加帝國地區逐步建立一小片安身的殖民地
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里昂的馬達加斯加及東南亞領土
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巴伐利亞的南美領土
然而就在１６世紀將要邁入尾聲的時候，又有個意外插曲
巴伐利亞竟然與克里米亞因為一點細故打了起來，頓時落入下風
（實際上是巴伐玩家沒注意到克里米亞沒上線，本來想協議賺點數的，卻和ＡＩ真打了起
來）
西西里響應落入下風的巴伐利亞，加入了這場戰爭，局勢頓時扭轉
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三方就在持續的戰爭中邁入了１７世紀
得意洋洋的西西里逞了一把威風
所幸雙方及時恢復理智，結束了這場無意義的戰爭
（克里米亞終於及時上線，雙方白和平）
然而西西里的舉動卻引起克里米亞的猜忌，於１６０９年將接壤省分賣給法國
各國又相安無事了十來年
中間發生過德國、摩洛哥、西西里、里昂、巴伐利亞試圖結盟反法
這樣的暗盤卻被法國探知，隨後昭告天下，反法聯盟還未成形就煙消雲散
小國聯合反抗大國的舉動失敗之後，很快又回到彼此競逐的局面
１６３１年，摩洛哥再度入侵里昂，西西里與巴伐利亞競相響應
這次，以西西里為主力的南歐聯盟，毫無懸念地將摩洛哥擊敗
龐大帝國摩洛哥的艦隊在地中海被盡數擊沉、
陸軍也在北非遭到西西里及里昂聯軍正面擊潰
摩洛哥王滿懷挫敗地遞出合約，里昂得以拿回之前失去的省份
西西里卻是白白拿到希臘地區的摩洛哥領土
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里昂前後領土對比
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西西里前後領土對比
然而摩洛哥與西西里兩國之間就此結下深仇大恨
第二次地中海戰爭結束了，但所有人都深刻體認到
第三次地中海戰爭必然會發生
同時，里昂狹盟友之助在歐洲地區反轉頹勢
也讓歐羅巴的合縱連橫，起了翻天覆地的變化……