在弘治四年二月，朝廷決定改元時，發生了一件對將軍足利義輝來說十分尷尬的狀況，也
就是朝廷方並未依循往例跟作為武家代表的將軍家進行商議，按照『惟房公記』所述，當
時朝臣清原枝賢反而在五月時跟三好長慶一方通信聯絡，並取得三好方的回覆。
在室町時期，有關改元一事通常是朝廷與幕府兩方磋商討論，就算將軍因為戰亂而離開京
都，像大永、天文兩次改元時，朝廷仍跟避居近江的義輝之父足利義晴聯絡，但這一次改
元，朝廷卻對將軍足利義輝採取無視的態度，也使足利義輝相當惱火，因而拒絕使用「永
祿」這個新年號，堅持繼續使用原本的年號「弘治」，一直到當年九月，也就是足利義輝
經由六角義賢仲介斡旋跟三好長慶順利和解成功的前兩個月，足利義輝方採用「永祿」的
年號，而在永祿元年的十一月底，足利義輝跟三好長慶和談後，便由近江回到了京都。
學者天野忠幸解讀，相對於逃往近江國朽木谷約五年的足利義輝，在足利方屢屢敗於三好
長慶的戰況下，天皇一方或許已萌生三好家將取代足利將軍的想法。