我在美國念機械 phd，有跟幾位教授聊過申請流程的事，大概可以給你一些建議。
先回答你的問題，有期刊發表是否可以拉抬 GPA 弱勢？
答案是可以，又不可以，
你不是絕對的優勢，也不是絕對弱勢，就看施主你這副牌怎麼打。
可以的原因：
絕大部分的申請人都沒有期刊發表，教授基本上不期待你有文章發表的經驗，
但你有兩篇第一作者，這是亮點。
不可以的原因：
教授收博士班學生，是希望你能「好好做研究」做到「畢業」。
許多博士班學位都有修課成績的門檻，意思是每年的 GPA 必須保持，例如 GPA > 3.3，
在台灣大學都修不到 3.3 了，來美國用英文上研究所更難的課，能維持 3.3 嗎？
你會不會比其他學生需要花更多時間在修課，壓縮做研究的時間呢？
除了修課，有些博士班需要通過資格考，資格考的內容有可能學科理論，
可能是大學部的範圍，也可能是研究所的範圍，那你能考過嗎？
這些問題，比較務實的方法是查查你想申請的學校學生手冊，通常網路上有，
會把博士班修業條件講得很明白，這是教授會對你有的疑問，也是你遲早要面對的問題，
你可以先念個碩士把 GPA 拉高，直接解決這個問題，
或者你對這些問題有相應的準備，這才能提高入學、甚至畢業的機率。
題外話，在美國大約有一半的博士班學生無法拿到博士學位...，
博士班入學後，遊戲才開始。
祝你申請順利。
※ 引述《elmocc01 (貝曲)》之銘言：
: 各位留學板的前輩們大家好
: 雖然知道這是日經文了 但反覆看了很多板上的心得
: 覺得自己的情況好像又有點不同QQ 想尋求一些建議
: 小弟是112化工系畢業 因為實在是很混 最後GPA是2.62
: 大四下發現還有一個主科沒補修 要延畢一個學期
: 想說就去系上實驗室當專題生 意外發現自己做研究的熱情
: 半年時間發了兩篇第一作者的Journal Paper
: 一篇是本科系相關 IF 4.4 另一個是食品加工相關 IF 0.6
: 這樣的狀況對我的低GPA會有幫助嗎QQ
: 目前是想直接申請美國2017 Fall的化工Ph.D
: TOEFL跟GRE都有在門檻上
: 我知道有申請有希望
: 只是現在整理完TOP 100的名單 感覺自己大概要從75開始才比較有希望XD
: 個人對於排名是沒有太大的情節 主要是希望畢業後能盡量留在美國找工作這樣
: 也想請問排名後面的學校對當地的找工作機會會不會有很大的影響
: 謝謝!祝各位留學之路一帆風順~