我就我自己所瞭解的房屋自住部分大概回應一下您的問題。
不過因為並不是很清楚知道您的狀況，所以我只能就您文中所提的簡單回應一下。:)
只是在此先釐清一個觀念：
就中華民國目前的房屋稅而言，不會出現「我房子已經採自住稅率好幾十年」的情形。
因為中華民國是從104年度房屋稅才開始劃分自住使用跟非自住使用。
也因此，最多就是「我家房屋按自住住家用稅率已經2年」，不會比2年再多。
瞭解這個之後我們再繼續往下看.....
※ 引述《iloveus (iloveus)》之銘言：
: 各位前輩好
: 我們家的房子從十幾年前就自住，但名字不是我們的。
: 103年的時候過戶時請代理協助辦理相關事宜，繳納2個月的房屋稅（稅單上為住家自住），並申請地價稅自住。
: 但下一次的房屋稅單來卻變成住家非自住稅率，家老也不疑有他直接繳費（因一直以來都自住、過戶的時候稅單也自住、相關事宜認為代理應該都有辦妥），
因此我想請您做的第一件事，就是去看一下103年度的房屋稅單。
我相信103年度的稅單上面寫絕對不是「自住住家用稅率」這幾個字。
而是只有住家用稅率一個欄位，不會像104年度的稅單，還有分自住和非自住。
另外您文中提到103年度繳交了2個月的房屋稅，表示您大概是103年4月下5月上辦過戶。
如果您的代理人是這個時間點來辦理的話，必定不會辦理「房屋自住住家稅率」。
理由很簡單：因為房屋自住是103年7月1日以後才有的政策。
如果在103年7月以前過戶，怎麼可能辦得到103年7月後才有的東西？
(房屋自住及非自住稅率是從104年度開始實施，
而房屋稅計算又是從上一年度的7月開始起算，一直自本年度的6月終止，
故房屋稅自住的時間等於是從103年7月以後才開始施行)
那麼，假如我沒申請房屋自住，我104年度房屋就一定是「非自住」？未必。
因為過渡時期，不知道規定的民眾一定比知道的民眾來得多。
為了避免民眾權益受損，所以政府訂定了一個「自住房屋認定標準作業原則」。
http://www.rootlaw.com.tw/LawArticle.aspx?LawID=A040070051075100-1030710
裡頭內容主要的部分，還是把之前有關房屋自住的相關法規再提一次。
但其中也有一些行政上相關的規定，一些比較重要的：
1.本人、配偶及未成年子女名下，住家用房屋少於三戶者，電腦轉檔暫按自住課徵。
(但承辦人員可視實際情況變更)
2.本人、配及及未成年子女名下，住家用房屋三戶以上者，發函請民眾回覆。
如果沒有回覆，統一在103/10/31轉成非自住。
3.公同共有房屋(如：繼承的房屋但持分未釐清者)、信託房屋、
獎勵停車位之持分房屋的房屋，個案查核(就政府也不知道怎麼算啦XD)
所以i大您提到您的房屋104年沒有改為自住，很可能就是屬2或3的狀況。
我的直覺是3啦，房屋是屬繼承案件，因為所有權人是公同共有，所以未轉檔。
不知道這是否跟您的狀況相符？
: 已致電稅務承辦人答覆：沒有申請就沒辦法適用自住，去年的來不及了，今年的因為也已經繳納且現在申請也是下個月開始生效，可能無法適用自住稅率.....
: 請問各位先進像這種情形沒辦法救濟
: 嗎？我是指去年跟今年溢繳退回，因為實在覺得太不合理，多年來我們實際都自住，卻因為他自動跳非自住而被加收稅金。
基本上房屋使用情形變更的生效月份，是以15日做一個分割。
15日以前，當月生效；超過15日(從16日起)，從次月開始生效。
基本上現在辦理自住，應該是從6月份開始生效，照理應該退你一個月的溢繳費用啦。
只是您可能要注意一下，如果房屋的持有人不止您一位的話，
到時候退費基本上會是「按持分退給每一個持分人」，
不見得是您繳費就把款項全部退還給您喔～
如果要全部退還給您的話，基本上稅捐單位應該是會要求您附上一份切結書。
裡頭可能有每一位持分人的同意，將溢繳的稅額退還給您。
這種狀況到時候可能會很麻煩就是了.....
另外，基本上採申請制的優惠，原則上如果沒申請的話，就比較難向前追溯。
目前能追溯的幾個源頭就是代書和戶政。
就我所知，現在的戶政如果有辦理戶口遷入的話，通常都會主動幫民眾辦理自住。
只是我不知道房屋自住剛施行的時候，戶政單位是否也是如此？
如果您有辦理戶口遷入的話，你要不要詢問戶政看看，當初是否有辦理自住？
: 手機發文排版請見諒，感謝各位！
好像都是釋疑比較多，沒有提出比較具體的辦法，真的不太好意思。^^|||