作者:
LUSRICH (ININ)
2018-01-18 01:53:08請問進行細菌 真菌 及古細菌菌種鑒定時，
該選擇
NGS或MOLDI -TOF呢
送驗之樣本用這兩種方式測到不同的結果
故有此困惑，先感謝版大們之解惑了！！
作者:
rossy (Rossy)
2018-01-18 12:36:00NGS看基因體序列 MALDI-TOF看蛋白質 一般都先定序然後做Phylogenetic tree去看看這些菌屬於哪一類
Maldi-tof 你目的要做什麼？前處理是？沒有target 就沒有特定要看什麼的話，你只會看到一些不知道是什麼的東西這些東西不只會是蛋白質maldi told 要看核苷片段也是可以的，需要比對數據庫看蛋白表現就需要水解，電泳或否，上機，比對資料庫
作者:
LUSRICH (ININ)
2018-01-18 21:49:00感謝版大們回覆我送驗的樣本是含多種未知菌的複合樣本故先送NGS檢測後驗出其中有腸球蔨屬之糞腸球菌，於是委託廠商以腸球蔨屬的培養基分離，並再以malditof蛋白圖譜去鑑種作二次確認，結果打出來的93個點都顯示是另一種菌：耐久腸球蔨，接下來就卡關了 板大們建議以何種方式往下驗證呢？感激不盡
93個點 你是指maldi 的plate還是？以及處理方式？
作者:
LUSRICH (ININ)
2018-01-19 17:18:00C大您好 感謝您 我剛剛與廠商確認了這個問題我們當時係以腸球蔨屬培養基上的colony們挑了93個點打哦第94個樣本以Ecoli當對照
活菌直接上機嗎？還是有萃取？前提是你選擇培養基上colonies 是純菌株，然後有無萃取步驟或是直接混基然後同一盤上面的點最好也挑去做colony PCR 確認一下有種情況是看似single colony 但卻是重疊若不是，基本上Maldi都只能當作佐證；NGS就看做多深