雖然劇情強度每隔段時間就會被討論，但我很喜歡這問題或延伸創作，所以拋磚引玉下。
我個人給的答案是「現階段三校打起來誰贏都有可能」，
但「三校同時產生戰爭意識的狀況下，沒其他外力干擾的話千年會贏。」
這答案推論的原因是建立在檔案目前的世界觀是「有現代科技的古代戰爭」。
檔案的設計師是群軍武宅，所以我想對現代戰爭會有所涉略，
而三大校現況大概就是因為這個背景才設定下來的。
因為學生持有神祕的原因，槍械這類軍武的火力跟不上防禦，在奇普托斯的戰爭，
防守方並不能簡單進行現代戰爭的少人力部屬來壓制攻擊方，
而是類似古代戰爭靠人數的狀況。
坦克這類載具在這個世界觀影響下其實就是中世紀的重騎兵，
迫擊砲就是能精準打擊的黑科技投石機。
格黑娜以前者聞名，三一以後者著名，
用中古世紀的戰爭來想的話應當可以理解兩校強大的原因。
那千年呢？
千年聞名的卻不是古代戰爭賽道，後勤有整個駭客組織、工程部、研討會有媲美電腦的人
腦，
武力集團是「特務組織」
也就是千年全部的能力幾乎都特化到能把其他校直接變回「古代戰爭」的用途上。
試想整個情報、通信來源都被壟斷的戰爭，那真是回到兵敗如山倒的狀況。
「伊吹被三一綁走了。」
「沒那回事，她在我旁邊。」
「全軍突擊三一。」
「喂……真琴！我說了伊吹在我旁邊！」
「全軍突擊三一！」
「彌香聽到聖婭說渚從椅子上站了起來啊哈哈。」
「彌香從不聽我說話。」
「聖婭才不會說話。」
「啊哈哈。」
像這樣一段假情報就毀掉茶會和萬魔殿的可能性我想是存在的，
更別說黑科技投石機在喪失情報後還能發揮多少用途這件事。
撇去學校構成的差異，還有個體神秘特別強的狀況。
這些神（外）秘（掛）雖然會導致劇情「想怎麼寫就怎麼寫」，
但是劇中有明顯提到幾件事：
像是科技輔助的狀況下能讓T0陷入苦戰。（機甲季跟寧瑠、被飛彈轟到的陽奈）
或者學生的戰鬥專長能阻擋T0。（狀態不佳的紗織仍能靠游擊戰跟彌香糾纏）
（這點也在劇中的SRT特殊學園內展現，為甚麼必須花篇幅著墨兔狐兩隊，
我想很大的原因就是要凸顯現代戰爭的能力。
比起給老師一個T0戰力，能百分之百理解指揮意圖的小隊我想會更加強大。）
所以若千年能有辦法產生必須要與他校戰爭的意識，
一定有辦法提前得知要開打的消息，也可以進行超前部屬。
打不贏呂布，勸反呂布的手下還不容易嗎。
即便不提這三校現實借鑒了哪些國家，不論是暗示接下來的末日降臨，或者將來的黃金時
代，
光是由聖經所建立的世界觀被安上millennium這個校名就知道恐怖。
且劇情中千年的校址根本是故意蓋在十字神名的附近，
搭配無名諸神的故事，我能感受到編劇想在千年搞的事：
一個曾經想人工創造新神的超科技古代文明，
以千年為單位所下的一盤棋。
從現有訊息來看，
奇普托斯現況可以說是無名諸神展示神秘與科技的鬥爭下的結果。
神秘的盡頭只有不再神秘，科技雖然輸在一時，但科技沒有停止發展。
而科技最為進步的千年卻還是有多到難以理解的神（外）祕（掛）學生，
除了拿來應對敵人的黑科技外，最有趣的用途大概是變成敵人吧，
不知道未來會不會有這樣的劇情。

機甲TOKI那個是用整個城市的電力才拿到的外掛飛彈是無名諸神的技術 都是殺招級別的武器

雞窩就不能用這種理論去思考，比如你再強的加密系統

而且雞窩一群天選神經病 你密碼弄再複雜

搞不好之後就告訴你伊吹之所以11歲就念高中是因為他有什麼特殊能力

三一有比基尼聖衣

還是那個把遊戲部+CC尻到滅團的前衛君比較屌

前衛君是打遊戲部+工程部吧 沒跟c&c打

有點忘了

以純被遺忘的諸神來說是可以這樣分析，但是因色彩而恢復神格的阿努比斯憑一己之力就能毀滅整個雞窩，可能又是一個完全不同級別，不然無名司祭應該不需冒險召喚色彩

阿努比斯是靠特性搞事吧今天如果覺醒個芭絲特神就是銀趴了

讚唷

而且以你的說法，那千年基本上死定了，派出溫泉開發部要知道最終章他們自家長出來的塔工程部毫無辦法，那群瘋子挖的可開心了而這群瘋子根本不需要靠什麼高科技聯絡，現場喊過去挖

該說千年戰力最強就不會要搞到等阿拜多斯式微才竄起以前三大校可沒他們的份

你要先有個概念 千年的科技力看似強 但是其實還是嬰兒

不不不，你的前提是全面開戰，所以溫泉開發部當然也是

等級而已 莉央用了很多遺忘眾神的黑科技 一樣被key秒駭

全力往千年去挖，以他們瘋狂的程度直接鑽地道過去都行

這個世界機器人被學生打好玩的，除了前衛君

前衛君用超土的臉當代價 獲得了超強戰鬥力缺點是嚴肅的劇情都沒辦法登場 那臉= =

光之劍直接遠程洗地板就好，不用爭伊甸條約就表演過了，偷襲不講武德才能打雞窩超人

推中間那段對話

「彌香聽到聖婭說渚從椅子上站了起來啊哈哈。」

我也不懂你為什麼不提愛麗絲www 千年最強的科技體現不就是愛麗絲和她的巨砲嗎

覺得你可以直說千年多了資訊戰 科技戰 輿論戰這幾張牌

千年比較務實 會控制傷害這反而成為她們的弱點 損失太大可能就不打了只要對方瘋起來想換家 千年可能就自動投降了

討論這個最沒意義，以常識看現代科技一定屌虐其他校，偏偏這一堆頭上頂著甜甜圈隨時掛著護盾的人連被飛彈砸也是昏迷而已，還用討論個毛。講專門的殺人武器光環炸彈好了，有現代手段的千年才有能力逆向工程，或是改成其他更有效率的器材，所以贏得還是科技。