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科學是否能用來證明上帝是否是存在的呢? 首先我們先定義一下科學：
科學，是通過經驗實證的方法，對現象進行歸因 (Wikipedia, 2016)。
多數科系，就連多數的社會學科，都自稱是使用科學法在探索新知，差別是
在於每個學科對自身的「經驗實證」有著不同的定義也有著不同的標準。當
一個學科指著另一個學科說，你的經驗實證不符合科學法，你只是說另一個
學科不符合你的標準。但問題是，為什麼你有資格批判其他學科的標準?
就算是神學也是有一個系統化的實證法，發出的論文也必須通過神學系統的考驗。
但這是另一個問題，這篇主要討論的是「自然科學」與它的限制。這篇對於社會
科學與人文科系不做討論。
依據「自然科學」的科學實驗法，任何自然現象應該都是可以使用科學檢驗。但
這裡出現一個問題：自然科學如何理解任何超自然的宣稱? 自然科學有沒有能力檢
驗超自然宣稱? 這種檢驗合理嗎?
我們在做實驗時，「複製 / replication」是檢驗他人宣稱最重要且是最有力反駁方
法。比方說我宣稱說我用 fMRI找到了腦部分析語言的特定區域。如果你要打我
臉，說語言分析應該沒有一個特定區塊，那你必須要使用fMRI 嚐試複製實驗，並
在實驗過程中得出不同的結果。當然你也可以用 EEG或PET，但這些方法
皆不會比用fMRI嚐試複製實驗來的有力。當基督徒宣稱說「上帝創造天地」，以
自然科學本身制訂的規則，你必須要有「上帝」或至少是類似上帝的因素來複製
實驗，並且得出相左的答案，才能算是合格的打臉。
有些人可能會辯稱說，實驗可以造假資料，我們可以依據過去的經驗判斷一個
宣稱是否合理。比方說如果有學者做出了非常漂亮的資料，並宣稱說這個一個
貨櫃車實驗室做出來的，但現在貨櫃車不見了。那其他學者，根據自己本身做過
類似實驗，可以評斷貨櫃車實驗造假機率。但這個辯稱對於上帝創世的超自然
宣稱無用，因為沒有人有創世的經驗，因而無從以經驗判斷上帝是否創世。有些
人這時會辯稱說我們可以用哲學邏輯推論，我也同意這可以討論，但我這篇只講
自然科學，與自然科學需要遵守的規則。哲學邏輯推論暫不討論。