我個人不推薦 Live ABC圖表解構英文文法 這本文法書，因為
它是找好幾個寫手共同拼湊出來的書。它一開始的書名是
《英文文法完全攻略》，後來用表格重新整理，但內容大致一樣，
又改書名叫圖表解構英文文法，分成A、B兩冊，
後來又改成一冊，但內容基本上一樣，編輯和作者則是一直變來變去，
其實也只是改版、改書名、書皮…而已，內容沒有什麼明顯更動。
該書有一些很明顯的錯誤，例如說
第194頁，介紹「使役動詞」時，寫著
S. + 感官動詞 / 使役動詞 + O. + ( to ) + 原形動詞
公式下面的文字寫著說：「動詞若為感官動詞/使役動詞時不定詞to可省略。」
這個文法觀點哪裡錯？第一，根本不能用to V，而不是「可省略」。
當然這本書不只這個錯誤，不過這邊就不提了。
回到你的問題，be動詞可以用在任一假設法。
跟過去事實相反，If + S + had + p.p....它這樣寫沒有錯，因為be動詞的p.p.就是
「been」。所以下面這句是這樣：
If he had been on the bus, he might have died.
你的原來句子是用dead，但dead是形容詞，所以要改成下面這句：
If he had been on the bus, he might have been dead.
※ 引述《LechiWaky (like a black widow)》之銘言：
: 假設語氣與過去事實相反,if子句內不能用be動詞嗎??
: 我看了文法書(Live ABC圖表解構英文文法)
: 與現在事實相反的部分,它寫了:
: If + S + 過去簡單式 + V could
: (then) S + might + V
: If + S + were... should
: would
: 與現在事實相反的If子句部分他有特別寫出were
: 但在與過去事實相反的部分,它卻只有寫:
: could
: If + S + had + p.p. (then) S + might + have + p.p
: should
: would
: 難道是與過去事實相反的if子句不能用be動詞嗎??
: 像 If he had been on the bus, he might have been die. 是錯的
: 要用
: If he had gotten on the bus, he might have been die. 這樣?
: 還是它漏寫了?