新手初接觸刑訴法，惟有程序問題想請教各位先進、前輩。
近日閱讀有關自訴章節，有關101台上2404號判決的程序進行有些疑問。
判決內容如圖（避免文字暫去閱讀空間）：https://ibb.co/vcmWxNw
簡單來說，該判決認為，同一案件經檢方起訴後，縱使有部分之犯罪原得自訴，但因為另一部係不得自訴（已進入偵察，且為非告訴乃論之罪）之重罪，應類推同法第319條第三項但書之法理，一併不得自訴。
但依晚學淺薄的理解，起訴案件是否為「同一案件」應是由法院或上級審來認定，縱使檢方在起訴的時候，自己認定是「同一案件」的情況，對法院或上級審來說也只是參考。
然而如果法院審理尚未認定兩部分的犯罪事實是否屬於「同一案件」的話，其中一部的自訴應該不能被直接認為是不符合自訴程序才對。
而必須等到法院審理到一定階段後，才能夠認定該自訴合不合法。
這樣看可能有點黑人問號，因此舉的97年司律的考古題為例：
甲因故一棒同時毆傷乙、丙二人，嗣丙因傷重致死，檢察官相驗後簽分偵辦，乙(非律師)知悉上情後，速向法院自訴甲犯傷害罪嫌，法院應如何處理？（先不論乙為委任律師為自訴代理人一事）
根據各家解認為，甲對丙因傷重致死屬於非告訴乃論，且為較重之罪，又已簽分偵辦，根據刑訴第323條已不得自訴。
不過，甲對乙的傷害屬於告訴乃論，原則上該罪得以自訴，但因為同一案件之丙的傷害致死屬於不得自訴者，因此實務上認為必須類推同法第319條第三項但書。
而晚學想請教的事，在實際操作上，法院如果還沒審理到或還沒開始認為「甲棒擊乙、丙」係法律上一罪（想像競合）之情況，那在這之前，乙的自訴程序基本上應該沒有不合法的問題（？），而且也會同時進行，直到公訴法院認為該案有想像競合適用，乙的自訴才會被認為是不合法才對不是嗎？那如果法院最後認為是兩罪的話，那乙的自訴是否就是合法的？
基此延伸另一個問題，這樣的話是否會造成司法資源的消耗，因為公訴跟自訴程序在還沒被認定為法律上一罪的情況下都在進行中，到最後自訴有可能合法，也可能不合法。
以上請教各位先進、前輩。
盼請予解惑。