※ 引述《rational (Hal)》之銘言：
: （日本語gogogo4 第32課 p.49)
: 正解：もう十二時なのに、妹はまだ帰ってきません。
GOGOGO用的是てくる的文法
: 我的答案：
: もう十二時なのに、妹はまだ帰っていません。
原PO用的是ている的文法
我的理解是ている在這句是強調帰る這個動作發生後，所產生的結果仍然存在
例如「王さんはいま台湾に帰っています。」
說話者在日本，對另一個人說王先生現在回台灣了。（回去了，且現在還在台灣。）
而てくる強調方向性，
「Ｏ帰ってくる」的くる指Ｏ離說話者越來越近，說話者可能跟Ｏ住在一起
相反地，「Ｏ帰っていく」的いく則是Ｏ離說話者遠去，說話者不是跟Ｏ住一起
詳細可以看這兩篇文章
http://www.tomojuku.com/blog/teiru%EF%BC%94/ （ている）
http://www.tomojuku.com/blog/tekuruteiku3/ （てくる）
或是閱讀文笙書局出版的林錦川編著的基礎日語語法上冊
第93及第116頁
回到原PO的部分
「妹はまだ帰ってきません。」強調還沒有回到我身邊。
「妹はまだ帰っていません。」強調還沒有在家。
如果要同時表達都已經（晚上）12點了這件事，說者大概是擔心的。
我會比較傾向使用強調還沒有回到我身邊的
「妹はまだ帰ってきません」
而「妹はまだ帰っていません」只是說明她還沒有在家。
想像，妹妹的國小同學在平常放學時間打電話來找(已經上高中的)妹妹，
你在電話裡跟他說，不好意思，我妹還沒回到家耶。
又或是隔壁你看不順眼但又對妹妹有意思的鄰居來找，
你甩上門之前對他說，我妹不在家啦！
結論，原PO的「妹はまだ帰っていません」沒有錯
不過當你要同時表達夜深了，對此人的擔心的話，GOGOGO的說法會比較適合吧。
以上，我也不太確定自己的想法對不對，不過因為覺得這個比較很有趣，
所以試著打了一篇哈哈
敬請不吝賜教（汗）