去年買了這棟房子就委託給建商做老屋翻新，有增建後院和二樓前面，建商沒說要申請建照所以也沒申請，家附近所有房子都是違建蓋到滿，所以我們一樣是擴建後面（沒蓋到滿）
在施工的過程和隔壁鄰居有糾紛，因為共同擁有一片牆壁在拆除時有些問題，房子又老舊。
總之鄰居說他家漏水，
我們一直都很有誠意處理，他電話打來我們也是一直道歉和安撫，承諾該是我們責任絕不逃避，畢竟鄰居之間不想鬧的不愉快，
誰知道他越來越誇張，打電話頻率越來越高，態度越來越差，要求我們一定要怎樣怎樣，總之都得照他的方式走就對了
有一次凌晨一點打電話來家裡騷擾，講的都是一樣的東西，說若不處理到讓他滿意就要檢舉我們（他自己違建的比我們誇張，但我們是增建中，比較吃虧）
我們也都是一直好聲好氣的，不知道是不是這樣他看我們好欺負開始獅子大開口，說我們施工弄壞了他哪裏哪裏、還要求我們要賠他一間和室和床墊，（漏水明明就沒很嚴重）這樣條件我們無法接受，
建商也有去看過，拍照，釐清責任，
鄰居直接說不接受建商修復，反正就是要錢就對了，
現在他去檢舉我們違建（收到違建認定單）、調解委員會
在這之前我們就有預感他會這麼做，所以已經委託建築師申請建照（還沒申請到），但這張單子是認定我們「實質違建」，不能補照，
我不知道是怎麼認定的，因為算了算是沒有超過可建築的部分，我們只差在沒建照這件事
我想請問，
1.
因為已經被認定實質違建，這樣還可以申請訴願嗎？
2.
被檢舉違建這段時間到補照成功是不是都不能動工？（包括原本沒增建部分）
這幾天工人去都被他擋，說叫警察來也沒有用！
3.
和鄰居的糾紛
因為他要求的金額一定是我們不能接受的，所以調解可能沒有用，若走法院，是由政府提供第三方公正鑑定來判要付多少錢嗎？還是只要恢復毀損部分即可？
4.
我也去檢舉他的違建，只是還沒收到回覆，不知道還有什麼方式可以處理？
謝謝大家耐心看完